More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0496 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  100 
 
 		 292 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  83.16 
 
 		 292 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  86.64 
 
 		 292 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  80.41 
 
 		 292 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  72.95 
 
 		 292 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  53.61 
 
 		 294 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  52.08 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  53.9 
 
 		 291 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  52.92 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  55.91 
 
 		 300 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  50 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  50 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  50 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  49.66 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  47.59 
 
 		 292 aa  281  9e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  52.46 
 
 		 331 aa  276  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  46.02 
 
 		 286 aa  270  2.9999999999999997e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  49.65 
 
 		 300 aa  267  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  48.4 
 
 		 292 aa  262  4.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  48.07 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  50.35 
 
 		 293 aa  255  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  44.64 
 
 		 285 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  45.61 
 
 		 284 aa  245  6.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  44.91 
 
 		 285 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  43.6 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  44.91 
 
 		 285 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  43.73 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  44.83 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  42.07 
 
 		 287 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  42.21 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  42.76 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  48.08 
 
 		 289 aa  221  9e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  44.6 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  47.39 
 
 		 297 aa  218  7e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  47.37 
 
 		 297 aa  218  8.999999999999998e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  41.91 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  43.27 
 
 		 279 aa  211  7.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  43.12 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  44.88 
 
 		 325 aa  202  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  47.04 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  39.79 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  43.66 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  43.12 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  37.94 
 
 		 277 aa  183  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.45 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  34.93 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  31.88 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  34.6 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  33.33 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  35.37 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  34.39 
 
 		 324 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  29.53 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  33.44 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  34.18 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  33.44 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  33.68 
 
 		 282 aa  153  4e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  33.79 
 
 		 312 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  33.9 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  33.12 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.74 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  35.03 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  32.06 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  32.69 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  35.86 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  31.97 
 
 		 325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  34.92 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  32.39 
 
 		 327 aa  145  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  34.12 
 
 		 336 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  31.76 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  32.8 
 
 		 325 aa  145  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  34.46 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  34.12 
 
 		 327 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  34.12 
 
 		 327 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  34.01 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  34.01 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 		 315 aa  145  9e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  34.01 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  31.76 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  35.03 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  32.65 
 
 		 321 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  31.07 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.8 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.8 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.8 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  32.88 
 
 		 341 aa  142  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  34.24 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  33.57 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.43 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  39.07 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.43 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  32.54 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  33.21 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  32.16 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  34.59 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  33.56 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  31.67 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  31.86 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  34.63 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  36.58 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  30.29 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>