More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3165 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  100 
 
 		 320 aa  655    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  88.33 
 
 		 379 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  88.01 
 
 		 318 aa  579  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  88.01 
 
 		 318 aa  579  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  87.97 
 
 		 318 aa  566  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  86.08 
 
 		 341 aa  555  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  85.13 
 
 		 318 aa  543  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  58.33 
 
 		 324 aa  368  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  58.75 
 
 		 323 aa  363  2e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  57.94 
 
 		 325 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  57.14 
 
 		 324 aa  355  5e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  57.14 
 
 		 324 aa  355  5e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  57.14 
 
 		 324 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  57.23 
 
 		 327 aa  354  1e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  55.94 
 
 		 323 aa  352  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  55.08 
 
 		 325 aa  349  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  56.01 
 
 		 325 aa  343  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  52.6 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  48.5 
 
 		 310 aa  268  5.9999999999999995e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  49.03 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  41.97 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  40.19 
 
 		 331 aa  221  9e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  39.69 
 
 		 351 aa  220  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  38.91 
 
 		 316 aa  219  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  38.05 
 
 		 363 aa  219  7e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  40.71 
 
 		 282 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  43.56 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  41.64 
 
 		 318 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  38.46 
 
 		 355 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  41.75 
 
 		 318 aa  212  7e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  40.13 
 
 		 349 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  42.9 
 
 		 312 aa  211  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  38.63 
 
 		 350 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  38.71 
 
 		 371 aa  209  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  41.64 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  38.12 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  38.61 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  41.37 
 
 		 316 aa  205  9e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  41.16 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  38.05 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  40.2 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  37.5 
 
 		 349 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  37.5 
 
 		 349 aa  202  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  41.25 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  37.42 
 
 		 347 aa  202  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  40.92 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  39.39 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  41.41 
 
 		 321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  37.12 
 
 		 347 aa  200  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  39.09 
 
 		 321 aa  200  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  39.02 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  40.2 
 
 		 327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  40.2 
 
 		 327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  40.2 
 
 		 336 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  36.05 
 
 		 350 aa  196  6e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  40.4 
 
 		 319 aa  195  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  36.91 
 
 		 349 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  38.31 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  39.02 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  37.83 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  36.72 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  36.12 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.88 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  38.1 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  31.6 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  33.66 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 		 292 aa  152  1e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  35.31 
 
 		 290 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  34.22 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  35.62 
 
 		 286 aa  149  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  32.69 
 
 		 292 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  31.65 
 
 		 269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  34.9 
 
 		 288 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  34.2 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  34.11 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.21 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  33.01 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  35.23 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.88 
 
 		 280 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  34.73 
 
 		 285 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  31.89 
 
 		 282 aa  145  1e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  33.88 
 
 		 280 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.2 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.2 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.2 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.2 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  32.35 
 
 		 406 aa  143  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  32.13 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  34.08 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  33.67 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 		 292 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  32.67 
 
 		 274 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.67 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  32.67 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.67 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.67 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  30.46 
 
 		 296 aa  138  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  32.67 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  30.98 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>