More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2490 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  100 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  71.05 
 
 		 316 aa  419  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  62.22 
 
 		 323 aa  388  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  62.03 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  63.81 
 
 		 325 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  61.59 
 
 		 323 aa  386  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  61.39 
 
 		 324 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  61.08 
 
 		 324 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  61.83 
 
 		 327 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  61.08 
 
 		 324 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  61.34 
 
 		 325 aa  371  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  58.62 
 
 		 320 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  55.87 
 
 		 325 aa  351  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  49.19 
 
 		 341 aa  293  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  48.05 
 
 		 320 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  47.25 
 
 		 318 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  47.25 
 
 		 318 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  47.57 
 
 		 379 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  47.23 
 
 		 318 aa  278  9e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  47.88 
 
 		 318 aa  275  9e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  46.03 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  46 
 
 		 316 aa  257  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  42.38 
 
 		 303 aa  248  8e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  47.08 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  46.23 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  45.89 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  47.42 
 
 		 312 aa  238  8e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  45.42 
 
 		 338 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  46.39 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  43.54 
 
 		 331 aa  235  8e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  44.18 
 
 		 316 aa  234  9e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  43.05 
 
 		 321 aa  232  5e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  44.75 
 
 		 315 aa  231  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  43.6 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  42.91 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  47.14 
 
 		 304 aa  225  7e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  41.52 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  45.91 
 
 		 282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  44.59 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  43.49 
 
 		 318 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  42.12 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  38.56 
 
 		 349 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  37.62 
 
 		 350 aa  201  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  41.3 
 
 		 319 aa  201  9e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  38.36 
 
 		 349 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  41.22 
 
 		 327 aa  199  7e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  41.22 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  41.22 
 
 		 327 aa  199  7e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  36.79 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  36.48 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  36.48 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  40.68 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  39.32 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  37.22 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  35.74 
 
 		 349 aa  179  7e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  33.96 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  34.59 
 
 		 346 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  34.08 
 
 		 363 aa  168  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  36.11 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  36.11 
 
 		 350 aa  162  9e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  34.93 
 
 		 355 aa  161  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  35.86 
 
 		 292 aa  161  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  35.76 
 
 		 347 aa  159  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  35.52 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  39.37 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.08 
 
 		 269 aa  152  1e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  35.69 
 
 		 285 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  35.67 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  34.04 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  36.03 
 
 		 285 aa  146  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  36.03 
 
 		 285 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.12 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  34.9 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.68 
 
 		 280 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.68 
 
 		 280 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.68 
 
 		 280 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.68 
 
 		 280 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  37.46 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  35.95 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  33.77 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  34.1 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  32.89 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  34.19 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  34.1 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  34.1 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  34.01 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  37.04 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  35.96 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.96 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  33.33 
 
 		 406 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.62 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  33.22 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  31.42 
 
 		 271 aa  134  3e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  34.45 
 
 		 292 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  31.35 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  34.1 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  34.65 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  30.03 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  33.55 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>