More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1428 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  100 
 
 
298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  55.09 
 
 
292 aa  319  3e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  56.01 
 
 
292 aa  319  3e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  55.36 
 
 
286 aa  315  7e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  52.08 
 
 
292 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  55.03 
 
 
296 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  57.39 
 
 
294 aa  308  8e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  56.79 
 
 
313 aa  306  2.0000000000000002e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  54.03 
 
 
296 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  57.71 
 
 
300 aa  305  7e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  54.03 
 
 
296 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  53.95 
 
 
303 aa  299  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  56.18 
 
 
294 aa  298  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  53.68 
 
 
292 aa  294  9e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  54.55 
 
 
297 aa  294  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  51.08 
 
 
292 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  55.05 
 
 
292 aa  290  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  52.52 
 
 
292 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  51.96 
 
 
295 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  51.4 
 
 
285 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  51.37 
 
 
285 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  51.37 
 
 
285 aa  275  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  52.1 
 
 
284 aa  275  5e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  48.26 
 
 
292 aa  271  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  52.23 
 
 
292 aa  270  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  50.52 
 
 
300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  51.65 
 
 
279 aa  265  8.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  48.46 
 
 
287 aa  263  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  54.74 
 
 
289 aa  262  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  49.31 
 
 
293 aa  249  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  54.06 
 
 
297 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  45.3 
 
 
297 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  52.98 
 
 
297 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  47.52 
 
 
331 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  46.79 
 
 
291 aa  229  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  48.42 
 
 
325 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  45.89 
 
 
301 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  52.63 
 
 
297 aa  215  7e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  43.17 
 
 
311 aa  214  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  43.86 
 
 
308 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  43.25 
 
 
277 aa  210  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  44.8 
 
 
282 aa  208  7e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  42.01 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  40.58 
 
 
299 aa  171  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.33 
 
 
296 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.87 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.63 
 
 
302 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  33.86 
 
 
323 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.63 
 
 
302 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  36.63 
 
 
302 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.63 
 
 
302 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  34.28 
 
 
324 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  36.04 
 
 
320 aa  160  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  36.26 
 
 
302 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 
323 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  34.38 
 
 
327 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  34.89 
 
 
269 aa  156  4e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  33.44 
 
 
324 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  32.99 
 
 
293 aa  155  6e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  34.69 
 
 
291 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  33.22 
 
 
290 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  32.92 
 
 
324 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  32.92 
 
 
324 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  33.65 
 
 
325 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  34.07 
 
 
306 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  35.84 
 
 
293 aa  150  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  33.1 
 
 
271 aa  150  2e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  33.21 
 
 
291 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  32.88 
 
 
301 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  34.51 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2214  HpcH/HpaI aldolase  43.28 
 
 
267 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0660288  normal  0.0595234 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.26 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  32.6 
 
 
292 aa  145  6e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  30.07 
 
 
284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  33 
 
 
303 aa  145  9e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  32.47 
 
 
295 aa  144  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  32.47 
 
 
291 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  32.6 
 
 
292 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  32.47 
 
 
291 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  34.19 
 
 
319 aa  143  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  31.85 
 
 
325 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  34.56 
 
 
318 aa  142  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  33.56 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.22 
 
 
289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.22 
 
 
289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  33.22 
 
 
289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  34.29 
 
 
317 aa  140  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  33.21 
 
 
291 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.22 
 
 
289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  32.62 
 
 
327 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  32.62 
 
 
327 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>