More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_3004 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 
312 aa  630  1e-180  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  79.74 
 
 
313 aa  510  1e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  78.14 
 
 
313 aa  506  9.999999999999999e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  72.9 
 
 
315 aa  459  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  73.46 
 
 
318 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  70.19 
 
 
318 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  69.55 
 
 
318 aa  442  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  69.01 
 
 
338 aa  436  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  67.95 
 
 
321 aa  435  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  69.97 
 
 
319 aa  431  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  66.77 
 
 
317 aa  430  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  66.45 
 
 
316 aa  423  1e-117  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  66.45 
 
 
321 aa  415  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  67.73 
 
 
318 aa  416  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  66.24 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  66.13 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  64.86 
 
 
319 aa  404  1.0000000000000001e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  66.13 
 
 
327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  66.13 
 
 
327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  58.67 
 
 
312 aa  332  4e-90  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  46.95 
 
 
325 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  44.19 
 
 
303 aa  250  2e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  45.83 
 
 
323 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  44.9 
 
 
324 aa  245  8e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  45.19 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  44.87 
 
 
323 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  44.59 
 
 
324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  44.59 
 
 
324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  47.04 
 
 
320 aa  235  6e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  47.42 
 
 
310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  43.49 
 
 
325 aa  230  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  47.54 
 
 
304 aa  230  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  44.16 
 
 
325 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  44.59 
 
 
316 aa  228  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  44.01 
 
 
327 aa  227  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  43.51 
 
 
303 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  45.08 
 
 
331 aa  219  6e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  46.93 
 
 
316 aa  219  7e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  41.31 
 
 
318 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  42.9 
 
 
320 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  42.67 
 
 
379 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  42.67 
 
 
341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  41.33 
 
 
318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  41.33 
 
 
318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  42.21 
 
 
318 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  39.87 
 
 
301 aa  206  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  44.63 
 
 
282 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  42.91 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  38.52 
 
 
292 aa  162  6e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  38.52 
 
 
292 aa  162  6e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  39.93 
 
 
286 aa  160  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.77 
 
 
294 aa  159  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  34.49 
 
 
349 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  36.73 
 
 
292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  34.08 
 
 
371 aa  155  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  33.79 
 
 
269 aa  155  1e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  35.31 
 
 
306 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  35.08 
 
 
363 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  33.65 
 
 
350 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  36.39 
 
 
292 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  34.08 
 
 
349 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  33.33 
 
 
349 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  36.54 
 
 
291 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  36.04 
 
 
298 aa  149  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  35.46 
 
 
350 aa  149  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  33.23 
 
 
349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.22 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  37.38 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  35.33 
 
 
351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  35.11 
 
 
347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  34.63 
 
 
292 aa  147  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  32.91 
 
 
349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  32.91 
 
 
349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  34.75 
 
 
347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  36.43 
 
 
271 aa  146  5e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  36.73 
 
 
296 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  35.43 
 
 
306 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  33.99 
 
 
346 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  35.03 
 
 
292 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  34.87 
 
 
306 aa  143  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  36.81 
 
 
293 aa  142  5e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  36.36 
 
 
296 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  37.07 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  37.72 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  31.01 
 
 
284 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 
296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  34.15 
 
 
355 aa  140  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  36.73 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  34.69 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 
308 aa  139  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  36.54 
 
 
331 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  37.64 
 
 
303 aa  135  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  37.55 
 
 
285 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  37.17 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  36.43 
 
 
285 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  32.2 
 
 
287 aa  133  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  34.35 
 
 
292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  33.56 
 
 
274 aa  132  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  30.04 
 
 
295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  36.12 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>