More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3050 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  100 
 
 		 318 aa  647    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  89.87 
 
 		 379 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  88.29 
 
 		 318 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  88.33 
 
 		 341 aa  581  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  88.29 
 
 		 318 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  87.97 
 
 		 320 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  84.49 
 
 		 318 aa  542  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  56.56 
 
 		 324 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  55.56 
 
 		 323 aa  358  6e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  54.94 
 
 		 324 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  54.94 
 
 		 324 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  54.94 
 
 		 324 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  54.01 
 
 		 323 aa  349  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  54.66 
 
 		 327 aa  349  4e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  54.8 
 
 		 325 aa  348  6e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  54.32 
 
 		 325 aa  348  9e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  53.73 
 
 		 325 aa  341  7e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  50 
 
 		 320 aa  298  6e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  49.22 
 
 		 316 aa  271  9e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  47.84 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  40.85 
 
 		 303 aa  248  9e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  40.62 
 
 		 363 aa  227  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  39.06 
 
 		 316 aa  225  6e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  41.69 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  40.38 
 
 		 355 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  40.32 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  41.88 
 
 		 313 aa  215  9e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  40.93 
 
 		 282 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  41.45 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  39.62 
 
 		 350 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  40.58 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  41.22 
 
 		 312 aa  208  1e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  37.91 
 
 		 371 aa  207  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  39.42 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  40.89 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  40.25 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  39.47 
 
 		 303 aa  207  3e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  42.21 
 
 		 312 aa  207  3e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  38.34 
 
 		 346 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  41.58 
 
 		 313 aa  203  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  39.3 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  40.26 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  39.35 
 
 		 338 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  39.42 
 
 		 316 aa  198  7.999999999999999e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  39.55 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  39.55 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  39.55 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  37.85 
 
 		 349 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  39.38 
 
 		 349 aa  195  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  39.38 
 
 		 349 aa  195  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  39.38 
 
 		 349 aa  195  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  39.53 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  37.03 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  38.71 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  37.74 
 
 		 349 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  36.71 
 
 		 347 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  36.08 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  37.42 
 
 		 318 aa  187  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  38.06 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  37.86 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  35.79 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.54 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.67 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  35.55 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.31 
 
 		 280 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  38.54 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.31 
 
 		 280 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.31 
 
 		 280 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.31 
 
 		 280 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  35.29 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  35.62 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.43 
 
 		 269 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  33.99 
 
 		 285 aa  153  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  33.9 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  35.97 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  32 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  34.84 
 
 		 285 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  34.52 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  33.11 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  33.66 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.33 
 
 		 280 aa  149  7e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  32 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  34 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  34.56 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  34.33 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  35.96 
 
 		 292 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  32.35 
 
 		 287 aa  144  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1285  citryl-CoA lyase  36.67 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  30.35 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  31.13 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.55 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  33.56 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  33.89 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  31.65 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  31.79 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  29 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3040  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.95 
 
 		 301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1951  putative citrate lyase, beta subunit  35.95 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.778867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>