More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0970 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  100 
 
 
285 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  98.95 
 
 
285 aa  569  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  89.82 
 
 
285 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  76.81 
 
 
279 aa  405  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  68.79 
 
 
284 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  69.68 
 
 
295 aa  385  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  62.68 
 
 
287 aa  348  6e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  51.56 
 
 
292 aa  280  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  54.64 
 
 
286 aa  262  4e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  50.87 
 
 
303 aa  258  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  51.37 
 
 
298 aa  257  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  50.69 
 
 
292 aa  252  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  51.41 
 
 
313 aa  251  8.000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  44.91 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  49.12 
 
 
300 aa  243  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  48.24 
 
 
296 aa  242  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  44.72 
 
 
292 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  47.54 
 
 
296 aa  238  9e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  47.54 
 
 
296 aa  236  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  50.7 
 
 
294 aa  236  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  49.11 
 
 
292 aa  234  9e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  44.77 
 
 
292 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  45.42 
 
 
292 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  51.46 
 
 
294 aa  232  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  47.89 
 
 
297 aa  232  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  48.79 
 
 
292 aa  229  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  55.67 
 
 
297 aa  225  8e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  47.19 
 
 
277 aa  223  3e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  52.28 
 
 
289 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  44.24 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  45.45 
 
 
291 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  45.99 
 
 
331 aa  216  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  47.28 
 
 
293 aa  216  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  54.12 
 
 
297 aa  215  8e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  42.45 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  47.31 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  45.29 
 
 
282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  55.12 
 
 
297 aa  208  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  42.61 
 
 
311 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  44.68 
 
 
297 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  42.61 
 
 
302 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  44.93 
 
 
301 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  38.87 
 
 
294 aa  192  5e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  43.38 
 
 
299 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  43.32 
 
 
325 aa  175  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  32.25 
 
 
284 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  36.36 
 
 
296 aa  171  9e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  37.63 
 
 
282 aa  168  1e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2214  HpcH/HpaI aldolase  45.17 
 
 
267 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0660288  normal  0.0595234 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
324 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  35.18 
 
 
323 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  37.34 
 
 
341 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  34.7 
 
 
323 aa  159  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  34.81 
 
 
327 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  34.4 
 
 
304 aa  156  3e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  34.07 
 
 
324 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  36.63 
 
 
276 aa  156  4e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  33.75 
 
 
320 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  34.59 
 
 
269 aa  155  8e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 
292 aa  154  1e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.09 
 
 
293 aa  155  1e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  35.26 
 
 
379 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  39.86 
 
 
304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  35.24 
 
 
318 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  33.44 
 
 
324 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  35.24 
 
 
318 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  33.44 
 
 
324 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  36.55 
 
 
316 aa  152  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  34.38 
 
 
325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  34.59 
 
 
325 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  34.52 
 
 
318 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  35.36 
 
 
306 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  37.37 
 
 
283 aa  149  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  35.46 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  36.23 
 
 
271 aa  145  6e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  34.23 
 
 
331 aa  145  6e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.59 
 
 
302 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  33.87 
 
 
318 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  37.46 
 
 
286 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  34.06 
 
 
289 aa  144  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  35.89 
 
 
290 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.23 
 
 
302 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  36.24 
 
 
282 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  34.75 
 
 
288 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  34.08 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  39.21 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  35.23 
 
 
302 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.23 
 
 
302 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.23 
 
 
302 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  36.24 
 
 
282 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.23 
 
 
302 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>