More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0560 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
277 aa  559  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  64.48 
 
 
291 aa  360  9e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  63.71 
 
 
291 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  56.37 
 
 
274 aa  310  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  50.76 
 
 
270 aa  247  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  47.39 
 
 
275 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  49.02 
 
 
269 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  48.89 
 
 
278 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  48.65 
 
 
267 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  48.65 
 
 
267 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  46.15 
 
 
270 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  46.01 
 
 
274 aa  208  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  46.33 
 
 
270 aa  206  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  46.12 
 
 
279 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  46.18 
 
 
276 aa  201  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  46.86 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  42.09 
 
 
282 aa  199  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  46.04 
 
 
273 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  45.69 
 
 
295 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  42.59 
 
 
271 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  41.91 
 
 
279 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  42.58 
 
 
274 aa  186  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  42.58 
 
 
274 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  43.49 
 
 
289 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  39.03 
 
 
274 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  42.32 
 
 
289 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  41.95 
 
 
289 aa  179  4e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  43.23 
 
 
279 aa  178  7e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  45.38 
 
 
289 aa  178  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  42.45 
 
 
290 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  43.45 
 
 
290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  36.49 
 
 
293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  43.28 
 
 
271 aa  172  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  40.77 
 
 
268 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  40.22 
 
 
286 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  43.4 
 
 
275 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  43.77 
 
 
275 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  40.93 
 
 
283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  39.63 
 
 
275 aa  157  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  43.24 
 
 
266 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  40.22 
 
 
275 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  37.97 
 
 
294 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  38.72 
 
 
294 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  42.7 
 
 
276 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  37.59 
 
 
283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  41.64 
 
 
272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  38.79 
 
 
277 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  38.06 
 
 
278 aa  151  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  38.35 
 
 
274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  34.44 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  40.35 
 
 
290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  38.7 
 
 
277 aa  144  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  37.76 
 
 
292 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  37.76 
 
 
292 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  37.05 
 
 
287 aa  143  4e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.76 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  44.22 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  33.45 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  34.75 
 
 
304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  36.96 
 
 
288 aa  140  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  34.39 
 
 
296 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  36.6 
 
 
289 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  35.53 
 
 
276 aa  137  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  39.22 
 
 
288 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  35.47 
 
 
287 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  34.48 
 
 
306 aa  136  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  34.48 
 
 
306 aa  136  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  34.59 
 
 
283 aa  135  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  35.74 
 
 
281 aa  134  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  36.27 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.08 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  35.71 
 
 
277 aa  133  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.08 
 
 
280 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.08 
 
 
280 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.08 
 
 
280 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  37.5 
 
 
278 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  31.56 
 
 
288 aa  132  6.999999999999999e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  33.81 
 
 
282 aa  132  7.999999999999999e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  34.19 
 
 
284 aa  132  7.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  33.79 
 
 
292 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  34.6 
 
 
307 aa  132  9e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  44.65 
 
 
189 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  33.45 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  34.72 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1878  HpcH/HpaI aldolase  36.96 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.820651  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  35.45 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.14 
 
 
280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  34.72 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  34.72 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  33.94 
 
 
321 aa  130  3e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  36.73 
 
 
281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  35.79 
 
 
280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.79 
 
 
280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.51 
 
 
289 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.51 
 
 
289 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.51 
 
 
289 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.51 
 
 
289 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  36.96 
 
 
285 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.15 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  35.52 
 
 
281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>