273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4282 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
280 aa  564  1e-160  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  67.53 
 
 
277 aa  356  1.9999999999999998e-97  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  59.65 
 
 
287 aa  352  4e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  62.64 
 
 
289 aa  350  1e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  50 
 
 
306 aa  254  9e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  49.26 
 
 
306 aa  249  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  48.51 
 
 
283 aa  248  7e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  50.37 
 
 
310 aa  248  8e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  50.37 
 
 
310 aa  248  8e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  50.37 
 
 
310 aa  248  8e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  49.25 
 
 
307 aa  244  9e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  49.82 
 
 
307 aa  241  1e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  48.57 
 
 
321 aa  238  1e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  47.39 
 
 
311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  47.1 
 
 
281 aa  230  2e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0181  HpcH/HpaI aldolase  46.95 
 
 
281 aa  228  1e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2654  HpcH/HpaI aldolase  44.36 
 
 
267 aa  177  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  34.22 
 
 
269 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  38.15 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  37.8 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  33.85 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  38.31 
 
 
274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  38.31 
 
 
274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
291 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  32.57 
 
 
294 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  35 
 
 
279 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  32.95 
 
 
294 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  35.09 
 
 
291 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  32.33 
 
 
276 aa  120  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  33.46 
 
 
270 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  28.42 
 
 
293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  33.2 
 
 
275 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  34.45 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  32.83 
 
 
277 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  34.09 
 
 
268 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  35.61 
 
 
270 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  34.09 
 
 
270 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  32.82 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  32.82 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  32.82 
 
 
274 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  33.46 
 
 
279 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  31.72 
 
 
271 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  32.09 
 
 
278 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  35.74 
 
 
283 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  35.15 
 
 
286 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  37.04 
 
 
289 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  34.81 
 
 
275 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  35.21 
 
 
295 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  34.7 
 
 
273 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  36.06 
 
 
289 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  34.18 
 
 
277 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  36.13 
 
 
271 aa  99  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  34.85 
 
 
281 aa  97.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  34.43 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  34.83 
 
 
275 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  34.94 
 
 
290 aa  94.4  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  30.34 
 
 
282 aa  93.2  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  29.89 
 
 
282 aa  91.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  31.97 
 
 
275 aa  89.7  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  34.44 
 
 
290 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  34.66 
 
 
297 aa  89  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  30.6 
 
 
274 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  28.18 
 
 
303 aa  87  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  37.8 
 
 
266 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1261  putative citrate lyase  35.27 
 
 
290 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.821409  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3029  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.27 
 
 
290 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2226  citrate lyase beta subunit  34.38 
 
 
290 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.709952  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  29.64 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  30.6 
 
 
275 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  33.47 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  32.62 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  27.44 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  26.56 
 
 
293 aa  82.4  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  30.5 
 
 
274 aa  82.4  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  28.37 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  29.73 
 
 
274 aa  81.6  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  31.79 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  31.79 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  27.44 
 
 
324 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1653  putative citrate lyase, beta subunit  32.3 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  27.44 
 
 
324 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  29.92 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  29.92 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  28.88 
 
 
287 aa  80.9  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1725  putative citrate lyase, beta subunit  32.3 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1932  putative citrate lyase, beta subunit  32.3 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0608  putative citrate lyase, beta subunit  32.3 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.46771  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  29.92 
 
 
280 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  28.8 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  28.8 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  28.8 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  28.8 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  29.66 
 
 
289 aa  79  0.00000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2921  HpcH/HpaI aldolase  30.65 
 
 
280 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.214353  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  31.41 
 
 
272 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  26.79 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  31.23 
 
 
271 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  28.52 
 
 
327 aa  76.6  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  29.83 
 
 
290 aa  76.6  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  38.16 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>