172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2673 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 415 aa  852    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  39.82 
 
 		 412 aa  239  9e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.25 
 
 		 404 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  32.39 
 
 		 393 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  31.85 
 
 		 419 aa  162  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.55 
 
 		 388 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  30.98 
 
 		 419 aa  156  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  31.46 
 
 		 402 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  33.75 
 
 		 434 aa  147  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  34.24 
 
 		 422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  32.6 
 
 		 411 aa  127  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  37.06 
 
 		 426 aa  126  7e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  30.3 
 
 		 427 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  33.82 
 
 		 429 aa  124  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  33.17 
 
 		 403 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.59 
 
 		 422 aa  120  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  38.5 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  33.5 
 
 		 426 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.81 
 
 		 417 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.99 
 
 		 419 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  36.31 
 
 		 409 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 420 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  27.44 
 
 		 401 aa  107  5e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.4 
 
 		 406 aa  106  9e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.04 
 
 		 413 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  33.55 
 
 		 1285 aa  100  6e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  33.17 
 
 		 414 aa  97.1  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 		 417 aa  95.5  1e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.02 
 
 		 424 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  41.03 
 
 		 382 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.68 
 
 		 417 aa  92.4  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  34.17 
 
 		 447 aa  91.7  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  35.43 
 
 		 562 aa  91.3  3e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.23 
 
 		 435 aa  90.1  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  31.84 
 
 		 417 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  26.75 
 
 		 392 aa  89  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  30.14 
 
 		 511 aa  88.6  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.53 
 
 		 565 aa  87.4  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  34.78 
 
 		 287 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  28.71 
 
 		 438 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  36.31 
 
 		 419 aa  84.7  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.08 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 		 432 aa  84.3  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  22.43 
 
 		 428 aa  83.2  0.000000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.29 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 426 aa  82.8  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  33.33 
 
 		 528 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.55 
 
 		 471 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  29.74 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.75 
 
 		 476 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  21.77 
 
 		 433 aa  81.3  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.51 
 
 		 456 aa  81.3  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  29.19 
 
 		 425 aa  80.1  0.00000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  30.47 
 
 		 556 aa  79.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  30.65 
 
 		 616 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  21.29 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 		 414 aa  76.6  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  28.86 
 
 		 440 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.63 
 
 		 447 aa  76.3  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.33 
 
 		 386 aa  76.3  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.84 
 
 		 457 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  32.88 
 
 		 364 aa  75.1  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.47 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  34.09 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.92 
 
 		 427 aa  73.9  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 		 423 aa  73.9  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  31.41 
 
 		 435 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  26.47 
 
 		 457 aa  73.2  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.19 
 
 		 462 aa  73.2  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  30.13 
 
 		 285 aa  72.8  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 		 416 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.74 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 402 aa  70.5  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  31.76 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.69 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.57 
 
 		 439 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  25.24 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  33.81 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 549 aa  67.8  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  27.07 
 
 		 422 aa  67  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.61 
 
 		 399 aa  67  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.05 
 
 		 427 aa  66.6  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.93 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  29.9 
 
 		 407 aa  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  21.63 
 
 		 425 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  22.41 
 
 		 410 aa  66.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  29.9 
 
 		 407 aa  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.94 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  29.59 
 
 		 834 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  30.3 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.81 
 
 		 464 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  25.37 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.8 
 
 		 406 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  24.68 
 
 		 575 aa  64.3  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 425 aa  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.1 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.89 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  28.65 
 
 		 453 aa  63.2  0.000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  30.94 
 
 		 399 aa  63.2  0.000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>