256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0382 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 439 aa  907    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  38.23 
 
 		 425 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  42.65 
 
 		 425 aa  193  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  33.6 
 
 		 374 aa  183  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.61 
 
 		 423 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  29.4 
 
 		 432 aa  136  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.49 
 
 		 413 aa  134  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.97 
 
 		 435 aa  126  6e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.66 
 
 		 422 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  30.9 
 
 		 429 aa  122  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.97 
 
 		 429 aa  122  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  26.28 
 
 		 415 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  40 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.1 
 
 		 442 aa  116  8.999999999999998e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  26.39 
 
 		 454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 		 417 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  29.08 
 
 		 435 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  28.2 
 
 		 428 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 429 aa  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  28.91 
 
 		 425 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  26.42 
 
 		 477 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.22 
 
 		 433 aa  108  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  25.21 
 
 		 444 aa  107  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  30.45 
 
 		 434 aa  103  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.54 
 
 		 464 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  30.6 
 
 		 412 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 		 420 aa  102  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  28.94 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.29 
 
 		 492 aa  100  5e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  27.15 
 
 		 411 aa  100  5e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  23.82 
 
 		 417 aa  100  7e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  22.72 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.87 
 
 		 445 aa  98.6  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 		 413 aa  97.1  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.17 
 
 		 424 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.79 
 
 		 423 aa  95.1  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  24.92 
 
 		 432 aa  95.1  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.46 
 
 		 465 aa  95.5  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 		 390 aa  94.7  3e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.29 
 
 		 413 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.99 
 
 		 433 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.8 
 
 		 238 aa  93.2  9e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  29.32 
 
 		 412 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 453 aa  91.3  3e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  25.24 
 
 		 451 aa  91.3  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 		 427 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.42 
 
 		 456 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  29.78 
 
 		 404 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  24.85 
 
 		 413 aa  89.4  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.49 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.93 
 
 		 420 aa  87.4  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  24.28 
 
 		 458 aa  87.8  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.91 
 
 		 401 aa  86.7  7e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.56 
 
 		 443 aa  87  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.43 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 		 397 aa  84.3  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  27.36 
 
 		 427 aa  84  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.11 
 
 		 444 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  24.47 
 
 		 380 aa  84  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 		 439 aa  83.6  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25.71 
 
 		 430 aa  83.2  0.000000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  23.24 
 
 		 448 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.26 
 
 		 446 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 447 aa  83.2  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  26.5 
 
 		 434 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 432 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.27 
 
 		 572 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.41 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 		 457 aa  80.9  0.00000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  25.19 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  23.71 
 
 		 441 aa  80.5  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.3 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 		 438 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  23.93 
 
 		 474 aa  79.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.41 
 
 		 402 aa  79.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.48 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.32 
 
 		 471 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.77 
 
 		 436 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  22.1 
 
 		 532 aa  78.2  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  30 
 
 		 424 aa  77.8  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.99 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.49 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.54 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 		 440 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.46 
 
 		 404 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.34 
 
 		 457 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.03 
 
 		 427 aa  73.9  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.18 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  25.14 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  20.35 
 
 		 587 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.64 
 
 		 456 aa  73.2  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  21.87 
 
 		 416 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.84 
 
 		 456 aa  71.6  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  20.3 
 
 		 427 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 459 aa  71.2  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>