208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3525 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
420 aa  865    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  34.62 
 
 
422 aa  235  9e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  35 
 
 
446 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  33.41 
 
 
412 aa  210  4e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  30.35 
 
 
404 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  34.78 
 
 
432 aa  189  1e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  28.54 
 
 
440 aa  187  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.56 
 
 
429 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  35.16 
 
 
285 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  28.53 
 
 
416 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  25.93 
 
 
451 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.4 
 
 
428 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  28.68 
 
 
456 aa  143  5e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.38 
 
 
412 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.54 
 
 
424 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  35.57 
 
 
385 aa  139  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  29.47 
 
 
419 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.54 
 
 
620 aa  138  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.83 
 
 
520 aa  135  9e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  27.95 
 
 
412 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  27.47 
 
 
549 aa  133  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.33 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.87 
 
 
402 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.46 
 
 
447 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  29.38 
 
 
422 aa  124  4e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  42.76 
 
 
420 aa  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.33 
 
 
400 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.83 
 
 
417 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  43.62 
 
 
397 aa  116  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  29.39 
 
 
435 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.83 
 
 
401 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  29.69 
 
 
397 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  39.6 
 
 
402 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  41.22 
 
 
400 aa  110  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.6 
 
 
477 aa  109  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.48 
 
 
471 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.06 
 
 
528 aa  106  7e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.52 
 
 
462 aa  106  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  26.06 
 
 
415 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  28.12 
 
 
380 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.79 
 
 
438 aa  101  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.42 
 
 
425 aa  99.8  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 
424 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 
429 aa  99  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  30.21 
 
 
444 aa  98.6  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  24.95 
 
 
453 aa  98.2  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.66 
 
 
428 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  24.54 
 
 
460 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.45 
 
 
532 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  41.22 
 
 
406 aa  93.6  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  23.77 
 
 
438 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.15 
 
 
442 aa  92  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  27.02 
 
 
418 aa  91.3  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 
405 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  25.48 
 
 
416 aa  88.2  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  28.93 
 
 
439 aa  87.4  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.05 
 
 
456 aa  87.4  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.29 
 
 
438 aa  86.7  7e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  23.71 
 
 
412 aa  86.3  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  24.31 
 
 
401 aa  85.1  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.35 
 
 
453 aa  85.5  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  27.27 
 
 
425 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.91 
 
 
437 aa  84  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  29.02 
 
 
1343 aa  83.6  0.000000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  30.87 
 
 
846 aa  83.2  0.000000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 
430 aa  82.8  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  33.33 
 
 
476 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  23.15 
 
 
405 aa  81.6  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 
417 aa  81.6  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.97 
 
 
378 aa  80.9  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  27.1 
 
 
428 aa  79.7  0.00000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 
413 aa  79.7  0.00000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 
411 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 
414 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  30.16 
 
 
390 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  22.33 
 
 
412 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.22 
 
 
495 aa  77  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  24.85 
 
 
398 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.82 
 
 
427 aa  76.3  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  24.17 
 
 
422 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  22.49 
 
 
453 aa  75.5  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.93 
 
 
413 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  20.88 
 
 
436 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  25.56 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 
612 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  25.56 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.17 
 
 
565 aa  73.9  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  21.8 
 
 
483 aa  72.8  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.37 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  21.9 
 
 
477 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  21.88 
 
 
426 aa  72  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  26.74 
 
 
417 aa  71.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 
438 aa  71.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  26.18 
 
 
492 aa  70.5  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  23.85 
 
 
400 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  30.71 
 
 
557 aa  70.5  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.51 
 
 
384 aa  70.1  0.00000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.06 
 
 
572 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  21.61 
 
 
409 aa  70.1  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.62 
 
 
422 aa  70.1  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>