252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1858 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
456 aa  927    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.41 
 
 
427 aa  340  4e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  40 
 
 
439 aa  307  3e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.24 
 
 
442 aa  298  1e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  33.89 
 
 
453 aa  220  5e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.96 
 
 
453 aa  220  5e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  31.42 
 
 
464 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.63 
 
 
456 aa  207  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  31.37 
 
 
477 aa  204  2e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  30.96 
 
 
438 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 
462 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  29.96 
 
 
437 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 
413 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  30.4 
 
 
458 aa  183  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  31.53 
 
 
429 aa  182  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  31.97 
 
 
457 aa  181  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  31.3 
 
 
436 aa  180  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  30.57 
 
 
448 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.87 
 
 
443 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  30.79 
 
 
487 aa  170  5e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  28.88 
 
 
461 aa  167  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.4 
 
 
462 aa  166  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  26.87 
 
 
441 aa  161  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.42 
 
 
453 aa  159  1e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 
415 aa  157  3e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  31.09 
 
 
451 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  30.02 
 
 
431 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.26 
 
 
441 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 
447 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  29.03 
 
 
474 aa  147  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  25.6 
 
 
432 aa  146  8.000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.11 
 
 
422 aa  146  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  36.96 
 
 
429 aa  144  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  31.37 
 
 
419 aa  136  7.000000000000001e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  30.05 
 
 
429 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  29.94 
 
 
428 aa  133  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.11 
 
 
416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  26.56 
 
 
461 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  30.39 
 
 
411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  24.3 
 
 
462 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.82 
 
 
457 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  24.89 
 
 
474 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.45 
 
 
415 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 
447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 
448 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  29.02 
 
 
427 aa  120  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  22.15 
 
 
407 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.88 
 
 
456 aa  119  7.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  34.38 
 
 
428 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  26.08 
 
 
457 aa  118  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  24.1 
 
 
463 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  26.26 
 
 
422 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  38.25 
 
 
405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  25.53 
 
 
458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  33.53 
 
 
402 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  35 
 
 
453 aa  114  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  22.94 
 
 
460 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  23.21 
 
 
446 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.11 
 
 
445 aa  111  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 
432 aa  110  7.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  27.7 
 
 
440 aa  108  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  36.21 
 
 
394 aa  107  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.24 
 
 
565 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  27.56 
 
 
267 aa  102  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.68 
 
 
429 aa  102  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  28.31 
 
 
476 aa  101  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  28.8 
 
 
425 aa  101  4e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  30.26 
 
 
400 aa  100  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.82 
 
 
471 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 
395 aa  100  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.67 
 
 
429 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 
438 aa  99.8  1e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25.24 
 
 
416 aa  98.6  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.07 
 
 
429 aa  98.2  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 
453 aa  97.8  4e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.33 
 
 
444 aa  97.8  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 
416 aa  97.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
424 aa  96.7  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  29.52 
 
 
511 aa  94.7  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  27.25 
 
 
412 aa  94.4  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.28 
 
 
425 aa  92.8  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 
384 aa  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  22.99 
 
 
402 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.5 
 
 
477 aa  88.6  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 
393 aa  88.6  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  22.05 
 
 
420 aa  87.4  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 
285 aa  87  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  25.31 
 
 
426 aa  87  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 
426 aa  86.7  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  23.97 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  29.61 
 
 
354 aa  85.5  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  29.87 
 
 
387 aa  84.3  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  32.97 
 
 
473 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  31.52 
 
 
420 aa  84  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  29.34 
 
 
393 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  24.06 
 
 
549 aa  82.8  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  23.16 
 
 
1343 aa  82.4  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.05 
 
 
620 aa  81.6  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.06 
 
 
400 aa  81.3  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 
425 aa  80.9  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>