141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0501 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 612 aa  1249    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  52.39 
 
 		 584 aa  592  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  53.83 
 
 		 563 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  53.83 
 
 		 561 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  47 
 
 		 633 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  48.44 
 
 		 547 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  50 
 
 		 616 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  43.15 
 
 		 589 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  43.64 
 
 		 611 aa  402  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  41.73 
 
 		 571 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  40.84 
 
 		 585 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  40.03 
 
 		 577 aa  362  1e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  36.05 
 
 		 561 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  33.68 
 
 		 575 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  34.61 
 
 		 576 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  34.78 
 
 		 578 aa  253  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  34.98 
 
 		 564 aa  249  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.68 
 
 		 565 aa  249  1e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  31.83 
 
 		 590 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  29.39 
 
 		 557 aa  238  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  34.34 
 
 		 597 aa  237  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  31.85 
 
 		 575 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.82 
 
 		 556 aa  210  7e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  29.16 
 
 		 565 aa  189  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  40.31 
 
 		 528 aa  189  2e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.14 
 
 		 572 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  29.98 
 
 		 557 aa  181  4e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  32.35 
 
 		 398 aa  171  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  25.04 
 
 		 532 aa  149  2.0000000000000003e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.59 
 
 		 501 aa  142  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.74 
 
 		 492 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  32.49 
 
 		 390 aa  130  6e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.79 
 
 		 495 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.71 
 
 		 520 aa  122  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  28.52 
 
 		 447 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.21 
 
 		 423 aa  110  8.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  34.91 
 
 		 400 aa  106  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 587 aa  105  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 		 457 aa  95.5  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.23 
 
 		 400 aa  93.6  9e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.79 
 
 		 443 aa  93.6  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  31.98 
 
 		 417 aa  91.7  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  31.1 
 
 		 424 aa  89.7  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.88 
 
 		 401 aa  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  31.68 
 
 		 425 aa  88.6  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  37.58 
 
 		 482 aa  88.6  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  34.21 
 
 		 438 aa  87  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  30.1 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  28.52 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.72 
 
 		 419 aa  83.2  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  39.09 
 
 		 555 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  32.18 
 
 		 419 aa  82.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.28 
 
 		 441 aa  81.6  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  29.83 
 
 		 430 aa  75.9  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  31.14 
 
 		 411 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  28.25 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  55 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.93 
 
 		 444 aa  74.3  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  30.77 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  30.81 
 
 		 405 aa  71.2  0.00000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  32.3 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.17 
 
 		 471 aa  70.1  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.99 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  34.26 
 
 		 405 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25 
 
 		 402 aa  67.4  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.24 
 
 		 477 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 		 429 aa  65.9  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.73 
 
 		 493 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  27.63 
 
 		 490 aa  65.1  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 		 479 aa  64.7  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  34.92 
 
 		 422 aa  63.9  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  27.78 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  24.65 
 
 		 469 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  27.17 
 
 		 547 aa  63.2  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  29.41 
 
 		 402 aa  63.5  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  26.49 
 
 		 422 aa  63.5  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  20.29 
 
 		 476 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 425 aa  62.8  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.91 
 
 		 459 aa  61.2  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.23 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  25.17 
 
 		 451 aa  60.8  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  20.93 
 
 		 511 aa  60.8  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.43 
 
 		 439 aa  60.1  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.89 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  21.78 
 
 		 538 aa  59.3  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.23 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.86 
 
 		 435 aa  57.4  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 		 462 aa  56.6  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  25.55 
 
 		 495 aa  55.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  42.65 
 
 		 86 aa  55.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.25 
 
 		 237 aa  56.2  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.83 
 
 		 413 aa  55.5  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.63 
 
 		 460 aa  55.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.15 
 
 		 464 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 		 384 aa  54.3  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 595 aa  53.9  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  26.52 
 
 		 418 aa  53.9  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>