122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2496 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  100 
 
 		 565 aa  1170    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  42.96 
 
 		 557 aa  414  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  38.79 
 
 		 590 aa  340  4e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  40.8 
 
 		 564 aa  333  7.000000000000001e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  32.02 
 
 		 589 aa  263  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  31.51 
 
 		 576 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  29.98 
 
 		 611 aa  229  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  31.33 
 
 		 577 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  29.98 
 
 		 585 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  31.18 
 
 		 575 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.01 
 
 		 584 aa  213  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  28.35 
 
 		 561 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  29.19 
 
 		 616 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  30.4 
 
 		 633 aa  203  6e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  29.18 
 
 		 547 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 		 575 aa  191  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.59 
 
 		 572 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.92 
 
 		 565 aa  183  6e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  29.16 
 
 		 612 aa  182  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  28.92 
 
 		 571 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  42.46 
 
 		 323 aa  177  6e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.01 
 
 		 597 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 		 557 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 		 578 aa  158  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.89 
 
 		 528 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 		 556 aa  144  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  29.8 
 
 		 563 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  29.8 
 
 		 561 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  28.18 
 
 		 398 aa  126  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  23.65 
 
 		 532 aa  120  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 		 479 aa  107  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.37 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.8 
 
 		 490 aa  97.1  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  28.52 
 
 		 447 aa  97.1  7e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.58 
 
 		 471 aa  93.2  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.69 
 
 		 477 aa  90.9  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.14 
 
 		 477 aa  90.5  7e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.93 
 
 		 464 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.71 
 
 		 476 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  22.69 
 
 		 538 aa  85.1  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.49 
 
 		 492 aa  83.6  0.000000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.19 
 
 		 520 aa  83.2  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  32.48 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  33.75 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 		 595 aa  77  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  21.54 
 
 		 457 aa  76.6  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  25.94 
 
 		 514 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  29.44 
 
 		 396 aa  71.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  53.97 
 
 		 86 aa  69.7  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.95 
 
 		 493 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.99 
 
 		 423 aa  67.8  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  21.71 
 
 		 587 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  21.86 
 
 		 547 aa  66.2  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.13 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.13 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  22.64 
 
 		 511 aa  63.9  0.000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.49 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.76 
 
 		 495 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  23.05 
 
 		 501 aa  61.6  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  25.65 
 
 		 402 aa  61.2  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.83 
 
 		 436 aa  60.8  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  20.33 
 
 		 442 aa  60.8  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.19 
 
 		 237 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.48 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.82 
 
 		 435 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  31.63 
 
 		 1362 aa  58.2  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.61 
 
 		 642 aa  57.8  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  34.18 
 
 		 460 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  29.37 
 
 		 451 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.83 
 
 		 444 aa  55.8  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  21.79 
 
 		 450 aa  55.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  27.17 
 
 		 453 aa  54.7  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  36.99 
 
 		 292 aa  55.1  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 417 aa  54.7  0.000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  33.04 
 
 		 435 aa  54.3  0.000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.46 
 
 		 392 aa  53.9  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  27.93 
 
 		 162 aa  53.1  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.18 
 
 		 427 aa  53.5  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.57 
 
 		 415 aa  53.5  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 		 414 aa  53.5  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.48 
 
 		 428 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.79 
 
 		 465 aa  52.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  23.52 
 
 		 464 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.23 
 
 		 390 aa  51.6  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  26.82 
 
 		 315 aa  51.2  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  32.81 
 
 		 469 aa  50.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  25.94 
 
 		 439 aa  50.1  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.74 
 
 		 457 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.27 
 
 		 473 aa  49.3  0.0002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  28.42 
 
 		 429 aa  49.3  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  23.65 
 
 		 399 aa  48.9  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  28.78 
 
 		 426 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.28 
 
 		 429 aa  49.7  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.53 
 
 		 238 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  24.86 
 
 		 175 aa  48.9  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.79 
 
 		 400 aa  48.5  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  24.28 
 
 		 1343 aa  47.8  0.0005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  24.79 
 
 		 386 aa  47.8  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0941  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 195 aa  46.2  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.172748  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 		 730 aa  47  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>