54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02076 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  55.42 
 
 		 575 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.39 
 
 		 708 aa  90.5  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  58.21 
 
 		 547 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  47.73 
 
 		 561 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0744  hypothetical protein  34.08 
 
 		 1709 aa  76.6  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  55 
 
 		 612 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  56.67 
 
 		 577 aa  72.8  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  56.14 
 
 		 616 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  50.85 
 
 		 633 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  53.33 
 
 		 561 aa  67  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  53.33 
 
 		 563 aa  67  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  47.69 
 
 		 611 aa  66.6  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  40 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  36.25 
 
 		 589 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  34.78 
 
 		 575 aa  59.7  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  50 
 
 		 576 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.33 
 
 		 584 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  31.33 
 
 		 585 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  32.41 
 
 		 501 aa  56.2  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  36.99 
 
 		 565 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.97 
 
 		 597 aa  53.9  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  42.62 
 
 		 556 aa  53.1  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  50 
 
 		 578 aa  52.8  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  52.27 
 
 		 590 aa  53.1  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  41.67 
 
 		 557 aa  52.4  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  49.12 
 
 		 398 aa  52  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  46.3 
 
 		 58 aa  52  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  39.66 
 
 		 564 aa  51.6  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.56 
 
 		 464 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  52 
 
 		 572 aa  49.7  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  35.48 
 
 		 469 aa  49.7  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  38.33 
 
 		 557 aa  48.9  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  31.58 
 
 		 476 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 477 aa  48.1  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  37.78 
 
 		 442 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.59 
 
 		 532 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  30.34 
 
 		 495 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  27.38 
 
 		 386 aa  47  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.82 
 
 		 565 aa  46.6  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  32.39 
 
 		 447 aa  46.2  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.92 
 
 		 477 aa  45.8  0.0009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.17 
 
 		 401 aa  45.4  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.6 
 
 		 419 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.6 
 
 		 419 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  43.59 
 
 		 528 aa  44.7  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.55 
 
 		 595 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  43.59 
 
 		 323 aa  43.9  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  34.92 
 
 		 547 aa  43.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  26.19 
 
 		 538 aa  42.7  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  33.33 
 
 		 401 aa  42.4  0.009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  32.84 
 
 		 479 aa  42.4  0.009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  29.21 
 
 		 432 aa  42.4  0.01  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  32 
 
 		 493 aa  42.4  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>