159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2893 on replicon NC_013502
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 237 aa  484  1e-136  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  60.18 
 
 		 392 aa  294  8e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  56 
 
 		 180 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  45.96 
 
 		 435 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  44.9 
 
 		 433 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  41.33 
 
 		 426 aa  173  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.89 
 
 		 401 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  29.96 
 
 		 392 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.61 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  31.63 
 
 		 386 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.07 
 
 		 471 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  38.92 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  35.23 
 
 		 485 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  32.5 
 
 		 575 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  32.48 
 
 		 395 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  30.56 
 
 		 557 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  28.51 
 
 		 436 aa  105  4e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  33.67 
 
 		 442 aa  103  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  32.08 
 
 		 397 aa  102  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  31.47 
 
 		 368 aa  101  8e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  36.21 
 
 		 412 aa  101  8e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  31.03 
 
 		 360 aa  100  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  31.37 
 
 		 575 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  31.4 
 
 		 386 aa  96.3  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  29.96 
 
 		 514 aa  96.3  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  29.44 
 
 		 437 aa  95.1  9e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  29.13 
 
 		 538 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.75 
 
 		 584 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  27.75 
 
 		 585 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 451 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  38.94 
 
 		 151 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  28.44 
 
 		 435 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  28.64 
 
 		 532 aa  79  0.00000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.87 
 
 		 386 aa  78.6  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.76 
 
 		 477 aa  77  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  28.71 
 
 		 448 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 495 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  29.38 
 
 		 492 aa  75.1  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.31 
 
 		 390 aa  75.1  0.0000000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.84 
 
 		 479 aa  73.6  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.76 
 
 		 429 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.41 
 
 		 642 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  28.85 
 
 		 447 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  29.87 
 
 		 402 aa  72  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  26.61 
 
 		 490 aa  71.2  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.76 
 
 		 520 aa  70.5  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.79 
 
 		 528 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.96 
 
 		 477 aa  70.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  28.71 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  30.19 
 
 		 457 aa  69.3  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  27.88 
 
 		 547 aa  68.6  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.67 
 
 		 413 aa  67  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.22 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1208  restriction endonuclease S subunits  82.93 
 
 		 41 aa  65.9  0.0000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  27.42 
 
 		 501 aa  65.1  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 		 595 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  28.9 
 
 		 460 aa  62  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  25.36 
 
 		 454 aa  62  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  26.29 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 		 611 aa  60.8  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 556 aa  60.8  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  24.49 
 
 		 395 aa  60.8  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 		 564 aa  59.7  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 		 633 aa  59.7  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  23.19 
 
 		 565 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.57 
 
 		 453 aa  58.9  0.00000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.43 
 
 		 417 aa  58.5  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.31 
 
 		 477 aa  57.8  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.32 
 
 		 465 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 		 407 aa  57  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  29.89 
 
 		 589 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.45 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  29.61 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 		 577 aa  56.6  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 		 612 aa  56.6  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  25.51 
 
 		 590 aa  56.2  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.12 
 
 		 457 aa  55.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.37 
 
 		 428 aa  55.1  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.42 
 
 		 419 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  25.81 
 
 		 563 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.42 
 
 		 419 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.71 
 
 		 442 aa  55.1  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 493 aa  54.7  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  22.86 
 
 		 402 aa  54.7  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  25.81 
 
 		 561 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.11 
 
 		 423 aa  55.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25 
 
 		 476 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.13 
 
 		 419 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  22.86 
 
 		 393 aa  53.9  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  23.63 
 
 		 263 aa  53.1  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.24 
 
 		 401 aa  52.8  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.85 
 
 		 384 aa  52.8  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.78 
 
 		 450 aa  52.8  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 400 aa  52.4  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  25.44 
 
 		 236 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.5 
 
 		 390 aa  52  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  29.35 
 
 		 418 aa  52  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  24 
 
 		 399 aa  52  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.42 
 
 		 464 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  23.47 
 
 		 296 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>