160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3569 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 395 aa  822    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  36.34 
 
 		 391 aa  226  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  34.83 
 
 		 413 aa  177  4e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.98 
 
 		 419 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.33 
 
 		 401 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  48.3 
 
 		 485 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  31.05 
 
 		 395 aa  143  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  38.27 
 
 		 514 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  31.89 
 
 		 392 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  31.34 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.07 
 
 		 401 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  35.09 
 
 		 437 aa  129  7.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  36.73 
 
 		 557 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  33.2 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  31.23 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  28.77 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.48 
 
 		 237 aa  110  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  28.3 
 
 		 397 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.91 
 
 		 453 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.57 
 
 		 412 aa  97.8  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  32.82 
 
 		 435 aa  97.8  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  23.02 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.46 
 
 		 388 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.87 
 
 		 419 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.87 
 
 		 419 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.87 
 
 		 390 aa  91.3  2e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.96 
 
 		 433 aa  89.7  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  26.62 
 
 		 400 aa  87  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.02 
 
 		 413 aa  87  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.6 
 
 		 443 aa  86.3  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  32.47 
 
 		 426 aa  84.7  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.51 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  32.49 
 
 		 458 aa  83.2  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 442 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  35.03 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  26.47 
 
 		 386 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.88 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 		 429 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  28.5 
 
 		 448 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.1 
 
 		 408 aa  75.9  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  29.11 
 
 		 453 aa  74.7  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  28.64 
 
 		 834 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  29.46 
 
 		 575 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  31.51 
 
 		 180 aa  71.6  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.97 
 
 		 479 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.74 
 
 		 380 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.62 
 
 		 425 aa  70.5  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.16 
 
 		 445 aa  69.7  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.43 
 
 		 417 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.98 
 
 		 464 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  23.97 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  24.69 
 
 		 393 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  28.75 
 
 		 387 aa  67  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  22.8 
 
 		 360 aa  67  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  25.82 
 
 		 368 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.49 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.22 
 
 		 495 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  21.78 
 
 		 428 aa  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.47 
 
 		 477 aa  63.5  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  22.04 
 
 		 477 aa  62.4  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  22.57 
 
 		 450 aa  62.4  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.98 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.5 
 
 		 425 aa  60.5  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.12 
 
 		 492 aa  60.5  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  21.41 
 
 		 435 aa  59.7  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  25.1 
 
 		 451 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.14 
 
 		 386 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 547 aa  58.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  27.84 
 
 		 576 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  24.67 
 
 		 587 aa  58.2  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  25.63 
 
 		 511 aa  57.4  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  25.5 
 
 		 432 aa  57.4  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.55 
 
 		 406 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  23.02 
 
 		 426 aa  57  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  27.36 
 
 		 538 aa  56.6  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  26.35 
 
 		 162 aa  56.2  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  22.39 
 
 		 425 aa  56.2  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  24.52 
 
 		 407 aa  55.8  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 		 429 aa  55.8  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 477 aa  55.8  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.11 
 
 		 424 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  21.85 
 
 		 438 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  23.32 
 
 		 427 aa  54.3  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.99 
 
 		 384 aa  54.3  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.64 
 
 		 427 aa  53.5  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.6 
 
 		 471 aa  53.5  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.54 
 
 		 374 aa  53.1  0.000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.34 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 420 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  21.32 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.26 
 
 		 390 aa  52.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.23 
 
 		 464 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  27.32 
 
 		 532 aa  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.1 
 
 		 476 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.16 
 
 		 439 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.99 
 
 		 411 aa  51.2  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>