175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2652 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  100 
 
 		 413 aa  856    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  49.84 
 
 		 393 aa  281  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  49.64 
 
 		 393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  34.83 
 
 		 395 aa  177  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  32.08 
 
 		 402 aa  176  7e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  40 
 
 		 401 aa  170  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  32.71 
 
 		 399 aa  167  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  38.44 
 
 		 395 aa  167  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0262  type I restriction-modification system specificity determinant  39.27 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.874092  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.95 
 
 		 465 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  28.95 
 
 		 363 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  37.37 
 
 		 453 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0232  restriction endonuclease S subunit-like protein  39.23 
 
 		 192 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.82 
 
 		 419 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  27.51 
 
 		 400 aa  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  34.83 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  28.18 
 
 		 390 aa  107  6e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  31.46 
 
 		 453 aa  100  5e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  26.12 
 
 		 442 aa  99  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  26.22 
 
 		 477 aa  94.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  26.85 
 
 		 364 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 		 387 aa  91.3  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0513  hypothetical protein  37.7 
 
 		 153 aa  90.5  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 		 397 aa  87.8  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.36 
 
 		 456 aa  87  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 		 436 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  28.57 
 
 		 416 aa  84.7  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  28.5 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.19 
 
 		 400 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  29.89 
 
 		 473 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 		 447 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  23.13 
 
 		 462 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.27 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  22.94 
 
 		 386 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.09 
 
 		 460 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.49 
 
 		 464 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.18 
 
 		 439 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.89 
 
 		 476 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 		 456 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 587 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.35 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  28.16 
 
 		 236 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.86 
 
 		 495 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  25.74 
 
 		 469 aa  70.5  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.9 
 
 		 492 aa  70.1  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.75 
 
 		 457 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.7 
 
 		 444 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 392 aa  67.4  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.67 
 
 		 237 aa  67  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 391 aa  67  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.67 
 
 		 406 aa  67  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 413 aa  66.6  0.0000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.77 
 
 		 453 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.86 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.86 
 
 		 238 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.25 
 
 		 477 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 450 aa  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  27.78 
 
 		 405 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.17 
 
 		 419 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  21.56 
 
 		 495 aa  63.2  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  22.89 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.04 
 
 		 642 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  27.68 
 
 		 485 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 		 471 aa  61.6  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 		 633 aa  60.8  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.12 
 
 		 520 aa  60.8  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 547 aa  60.5  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.76 
 
 		 611 aa  60.5  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  26.99 
 
 		 394 aa  59.7  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  26.87 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  20.92 
 
 		 432 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  27.61 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.74 
 
 		 433 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.1 
 
 		 388 aa  57  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  23.62 
 
 		 392 aa  57  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.26 
 
 		 462 aa  57  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  22.8 
 
 		 490 aa  56.6  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.39 
 
 		 429 aa  56.6  0.0000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1886  hypothetical protein  31.2 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0912016  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.19 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.16 
 
 		 422 aa  56.2  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  25.9 
 
 		 775 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.97 
 
 		 493 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 589 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.47 
 
 		 386 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 		 595 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  28.25 
 
 		 405 aa  54.7  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  27.78 
 
 		 360 aa  54.7  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  21.91 
 
 		 435 aa  54.3  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  23.29 
 
 		 448 aa  53.9  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.55 
 
 		 425 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  23.05 
 
 		 296 aa  53.9  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.85 
 
 		 445 aa  53.1  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  21.71 
 
 		 425 aa  52.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  24.48 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>