144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03610 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 		 360 aa  746    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  43.24 
 
 		 386 aa  225  7e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  37.61 
 
 		 397 aa  225  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  37.4 
 
 		 436 aa  192  8e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.2 
 
 		 401 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  35.67 
 
 		 451 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  30.7 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.82 
 
 		 238 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  47.06 
 
 		 585 aa  153  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  30.18 
 
 		 413 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  46.47 
 
 		 584 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  37.8 
 
 		 429 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  30.03 
 
 		 442 aa  143  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  38.02 
 
 		 575 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  44.67 
 
 		 383 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.32 
 
 		 471 aa  123  4e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  29.49 
 
 		 393 aa  119  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  27.17 
 
 		 392 aa  116  6e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  26.89 
 
 		 400 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.71 
 
 		 402 aa  105  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  30.92 
 
 		 387 aa  102  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.03 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  31.37 
 
 		 538 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  31.58 
 
 		 391 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  29.41 
 
 		 575 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.69 
 
 		 390 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.15 
 
 		 642 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  32.53 
 
 		 435 aa  91.3  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 392 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 426 aa  88.6  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.13 
 
 		 380 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 		 400 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.34 
 
 		 433 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  40 
 
 		 151 aa  83.2  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.86 
 
 		 464 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.35 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.27 
 
 		 477 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  27.31 
 
 		 393 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.06 
 
 		 479 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.09 
 
 		 390 aa  76.3  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.63 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 500 aa  74.7  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.28 
 
 		 492 aa  73.6  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  30.28 
 
 		 458 aa  73.2  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.5 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  26.15 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  33.06 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.14 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.53 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.53 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.18 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.98 
 
 		 386 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.97 
 
 		 436 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  22.8 
 
 		 395 aa  67  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  27.62 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.72 
 
 		 490 aa  66.6  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.92 
 
 		 401 aa  66.2  0.0000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.19 
 
 		 446 aa  65.1  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.19 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  29.37 
 
 		 401 aa  63.5  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  24.48 
 
 		 469 aa  62.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.47 
 
 		 419 aa  62.8  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.52 
 
 		 439 aa  62.4  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  26 
 
 		 263 aa  62.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  22.43 
 
 		 418 aa  62.4  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  25.36 
 
 		 396 aa  60.8  0.00000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  28.65 
 
 		 730 aa  58.9  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  26.8 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 485 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  22.06 
 
 		 420 aa  57.8  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.24 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  25.3 
 
 		 473 aa  57.4  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.38 
 
 		 417 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  22.12 
 
 		 435 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 		 595 aa  56.2  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  22.98 
 
 		 394 aa  55.8  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  20.2 
 
 		 465 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  29.13 
 
 		 414 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.78 
 
 		 413 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.98 
 
 		 520 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  24.29 
 
 		 236 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.27 
 
 		 477 aa  54.3  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  22.35 
 
 		 429 aa  54.7  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  22.3 
 
 		 404 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  33.73 
 
 		 394 aa  53.9  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  27.12 
 
 		 457 aa  53.9  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  23.08 
 
 		 775 aa  53.9  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.56 
 
 		 445 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  23.18 
 
 		 397 aa  53.5  0.000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 		 432 aa  53.1  0.000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  21.24 
 
 		 459 aa  52  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  24.7 
 
 		 557 aa  52  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.47 
 
 		 428 aa  52  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  20.31 
 
 		 428 aa  51.2  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  21.98 
 
 		 775 aa  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>