85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0515 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  100 
 
 		 263 aa  537  9.999999999999999e-153  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  35.29 
 
 		 465 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.54 
 
 		 390 aa  119  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  36.41 
 
 		 457 aa  115  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  37.5 
 
 		 409 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  30.22 
 
 		 402 aa  98.2  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.48 
 
 		 388 aa  97.1  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  28.19 
 
 		 392 aa  96.7  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  27.69 
 
 		 397 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.13 
 
 		 401 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  25.88 
 
 		 396 aa  94  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  30.33 
 
 		 500 aa  93.6  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  30.56 
 
 		 386 aa  92.8  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.11 
 
 		 436 aa  92  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.24 
 
 		 390 aa  89.4  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 		 400 aa  89.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  26.27 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  25.1 
 
 		 387 aa  82  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  27.88 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.05 
 
 		 428 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  29.38 
 
 		 435 aa  78.6  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  25.21 
 
 		 372 aa  76.6  0.0000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.91 
 
 		 477 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.79 
 
 		 394 aa  72.8  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.79 
 
 		 391 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  23.17 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  24.46 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  32.34 
 
 		 492 aa  70.5  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.51 
 
 		 642 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 419 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  28.63 
 
 		 413 aa  64.3  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.93 
 
 		 471 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  26 
 
 		 360 aa  62.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.79 
 
 		 520 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  24.62 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  25.2 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  25.59 
 
 		 340 aa  60.1  0.00000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  31 
 
 		 477 aa  59.3  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  24.45 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 447 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.42 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  22.36 
 
 		 417 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.43 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1886  hypothetical protein  24.04 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0912016  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.65 
 
 		 390 aa  53.9  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  26.67 
 
 		 380 aa  53.9  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.49 
 
 		 435 aa  53.5  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.63 
 
 		 237 aa  53.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  27.87 
 
 		 490 aa  53.5  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  27.36 
 
 		 446 aa  52.4  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.58 
 
 		 386 aa  52.4  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.52 
 
 		 457 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.61 
 
 		 407 aa  50.1  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  23.46 
 
 		 429 aa  50.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  24.3 
 
 		 447 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.39 
 
 		 441 aa  49.7  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.18 
 
 		 388 aa  49.3  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 392 aa  49.3  0.00007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  28.91 
 
 		 439 aa  48.9  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.47 
 
 		 433 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 		 589 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.54 
 
 		 479 aa  47  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.11 
 
 		 433 aa  47  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  26.82 
 
 		 576 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  20.88 
 
 		 419 aa  45.8  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  21.28 
 
 		 438 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 		 595 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.13 
 
 		 493 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.67 
 
 		 445 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 611 aa  44.3  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 473 aa  44.3  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.13 
 
 		 415 aa  43.5  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.82 
 
 		 456 aa  43.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.14 
 
 		 495 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  26.88 
 
 		 459 aa  43.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 454 aa  43.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  24.87 
 
 		 577 aa  43.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  21.35 
 
 		 429 aa  43.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  22.16 
 
 		 412 aa  42.7  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  22 
 
 		 430 aa  42.4  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.68 
 
 		 428 aa  42.4  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  22.31 
 
 		 453 aa  42.4  0.009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>