116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4810 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  100 
 
 		 360 aa  737    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  54.94 
 
 		 388 aa  265  7e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  37.82 
 
 		 364 aa  143  6e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  30.18 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.99 
 
 		 442 aa  117  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.36 
 
 		 493 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  37.65 
 
 		 417 aa  109  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.84 
 
 		 386 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  32.31 
 
 		 351 aa  102  7e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  32.83 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  38.56 
 
 		 363 aa  97.8  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 390 aa  97.4  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.53 
 
 		 402 aa  92  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  35.04 
 
 		 415 aa  92  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  37.31 
 
 		 444 aa  89  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  24.47 
 
 		 385 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.76 
 
 		 393 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  28.97 
 
 		 380 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  35.71 
 
 		 363 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.97 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  38.4 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.2 
 
 		 390 aa  82.8  0.000000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  26.27 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  33.51 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 		 397 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  25.08 
 
 		 416 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  21.45 
 
 		 396 aa  78.2  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  25.79 
 
 		 397 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  28.62 
 
 		 402 aa  77.4  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.77 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.8 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  28.48 
 
 		 418 aa  76.3  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  28.48 
 
 		 418 aa  76.3  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.33 
 
 		 400 aa  76.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  32.84 
 
 		 374 aa  75.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  31.43 
 
 		 175 aa  74.3  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 427 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.58 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  31.11 
 
 		 477 aa  72.4  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  21.9 
 
 		 413 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.58 
 
 		 413 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.74 
 
 		 401 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 415 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  33.82 
 
 		 422 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 		 394 aa  68.9  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  24.24 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  26.75 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.59 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.53 
 
 		 457 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  24.91 
 
 		 363 aa  67  0.0000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.44 
 
 		 419 aa  67  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  36 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 393 aa  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  22.43 
 
 		 500 aa  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.37 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  25.22 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.71 
 
 		 419 aa  63.9  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.64 
 
 		 425 aa  63.5  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  21.45 
 
 		 456 aa  62.8  0.000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 429 aa  62.4  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  21.39 
 
 		 439 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  25.54 
 
 		 372 aa  62  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  24.04 
 
 		 392 aa  62  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 395 aa  59.7  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  28.15 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.22 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 433 aa  57.8  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.34 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 		 387 aa  57.4  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.85 
 
 		 423 aa  53.9  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.69 
 
 		 419 aa  53.1  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  27.17 
 
 		 371 aa  52.8  0.000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.43 
 
 		 417 aa  52.4  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.87 
 
 		 419 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.87 
 
 		 419 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.96 
 
 		 422 aa  52  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 		 388 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.59 
 
 		 374 aa  52.4  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  38.18 
 
 		 424 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.08 
 
 		 469 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  25.81 
 
 		 426 aa  51.6  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  23.31 
 
 		 430 aa  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  26.76 
 
 		 405 aa  51.2  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  25.81 
 
 		 409 aa  51.2  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  22.99 
 
 		 463 aa  50.8  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.51 
 
 		 433 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  29.13 
 
 		 501 aa  48.9  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  20.96 
 
 		 430 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  25.35 
 
 		 400 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  24.36 
 
 		 487 aa  48.5  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  20.88 
 
 		 460 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  26.01 
 
 		 453 aa  48.5  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  27.33 
 
 		 571 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  34.94 
 
 		 91 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.45 
 
 		 382 aa  47.4  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.14 
 
 		 413 aa  47.4  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  23.75 
 
 		 364 aa  47  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  19.68 
 
 		 385 aa  46.6  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>