140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2688 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  100 
 
 		 487 aa  1003    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  37.95 
 
 		 429 aa  241  1e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  34.69 
 
 		 464 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  32.31 
 
 		 463 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  35.01 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  34.28 
 
 		 477 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  33.95 
 
 		 461 aa  206  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  33.33 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  35.23 
 
 		 439 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  32.9 
 
 		 453 aa  194  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  33.9 
 
 		 438 aa  192  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  33.2 
 
 		 443 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  31.28 
 
 		 462 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  31.64 
 
 		 462 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.96 
 
 		 456 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.28 
 
 		 453 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  33.75 
 
 		 431 aa  181  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  35.06 
 
 		 458 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  32.08 
 
 		 436 aa  176  8e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  30.79 
 
 		 456 aa  170  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  44.17 
 
 		 429 aa  169  8e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  36.49 
 
 		 428 aa  163  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  29.31 
 
 		 419 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  31.57 
 
 		 451 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  28.63 
 
 		 441 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.1 
 
 		 462 aa  161  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 		 448 aa  160  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  43.3 
 
 		 412 aa  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  28.42 
 
 		 474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  30.67 
 
 		 415 aa  146  8.000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.56 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.79 
 
 		 413 aa  143  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  30.24 
 
 		 425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  27.54 
 
 		 461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  27.16 
 
 		 447 aa  140  7e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  28.14 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  26.2 
 
 		 446 aa  138  2e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  30.89 
 
 		 474 aa  137  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  45.81 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  33.78 
 
 		 429 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.03 
 
 		 422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 434 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  32.54 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.44 
 
 		 427 aa  123  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.81 
 
 		 445 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  35.18 
 
 		 538 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  26.84 
 
 		 458 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  29.41 
 
 		 400 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 395 aa  120  4.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  32.3 
 
 		 846 aa  117  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  30.6 
 
 		 437 aa  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  27.47 
 
 		 444 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  28.99 
 
 		 396 aa  109  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.73 
 
 		 471 aa  109  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  28.72 
 
 		 442 aa  107  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  25.06 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  31.6 
 
 		 575 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  32.52 
 
 		 469 aa  99.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  33.18 
 
 		 564 aa  98.2  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.04 
 
 		 459 aa  98.2  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.96 
 
 		 444 aa  96.3  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  27.11 
 
 		 267 aa  96.3  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.06 
 
 		 565 aa  94.4  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  24.45 
 
 		 430 aa  94.4  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.56 
 
 		 390 aa  94  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.09 
 
 		 442 aa  90.9  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.5 
 
 		 473 aa  87.8  4e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.14 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  29.03 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  27.6 
 
 		 398 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  26.75 
 
 		 439 aa  78.2  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.09 
 
 		 597 aa  72.8  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.58 
 
 		 429 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  29.03 
 
 		 416 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  28.7 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.27 
 
 		 435 aa  69.7  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  31.39 
 
 		 442 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  30.13 
 
 		 649 aa  68.2  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  24.85 
 
 		 354 aa  66.6  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.56 
 
 		 423 aa  66.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.57 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 549 aa  65.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.54 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.28 
 
 		 642 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.6 
 
 		 464 aa  65.1  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.13 
 
 		 433 aa  65.1  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.62 
 
 		 457 aa  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  24.35 
 
 		 595 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  24.25 
 
 		 290 aa  63.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.9 
 
 		 401 aa  60.8  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.92 
 
 		 390 aa  60.5  0.00000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.22 
 
 		 439 aa  59.7  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  25.24 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.34 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.88 
 
 		 492 aa  57.4  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.89 
 
 		 490 aa  57.4  0.0000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  22.54 
 
 		 418 aa  57.4  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  31.36 
 
 		 429 aa  56.2  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>