98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3571 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  100 
 
 		 458 aa  925    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  39.24 
 
 		 474 aa  279  9e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  35.68 
 
 		 431 aa  246  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  37.65 
 
 		 457 aa  243  6e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  32.56 
 
 		 474 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  36.03 
 
 		 461 aa  230  5e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  34.53 
 
 		 444 aa  204  2e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  26.24 
 
 		 432 aa  160  6e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  37.37 
 
 		 413 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  28.82 
 
 		 437 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  31 
 
 		 446 aa  154  4e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  28.08 
 
 		 436 aa  150  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.11 
 
 		 445 aa  144  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  28 
 
 		 441 aa  143  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  24.88 
 
 		 413 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  31.02 
 
 		 364 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 		 463 aa  136  8e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  26.86 
 
 		 438 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  42.11 
 
 		 547 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 		 435 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.62 
 
 		 422 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.1 
 
 		 453 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.12 
 
 		 400 aa  127  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.27 
 
 		 473 aa  125  1e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  26.01 
 
 		 477 aa  124  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  27.97 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  26.88 
 
 		 464 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.73 
 
 		 443 aa  123  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  34.56 
 
 		 400 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  26.84 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  23.71 
 
 		 441 aa  121  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  34.47 
 
 		 390 aa  120  7e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 461 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.81 
 
 		 416 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  26.89 
 
 		 439 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  28.07 
 
 		 453 aa  117  5e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  32.93 
 
 		 406 aa  117  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.74 
 
 		 456 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.84 
 
 		 374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.64 
 
 		 456 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 		 429 aa  113  8.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  24.95 
 
 		 462 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.78 
 
 		 378 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  34.38 
 
 		 400 aa  110  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  30.99 
 
 		 407 aa  107  4e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.12 
 
 		 428 aa  106  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  28.81 
 
 		 439 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.16 
 
 		 462 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.9 
 
 		 462 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  23.25 
 
 		 422 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  27.18 
 
 		 448 aa  99.8  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  24.31 
 
 		 425 aa  99  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  28.49 
 
 		 429 aa  94.4  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  26.15 
 
 		 458 aa  93.6  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  27.03 
 
 		 457 aa  93.2  8e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  27.79 
 
 		 429 aa  93.2  9e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  22.27 
 
 		 447 aa  93.2  9e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.07 
 
 		 419 aa  90.5  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.6 
 
 		 427 aa  90.1  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  24.02 
 
 		 451 aa  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  26.64 
 
 		 395 aa  89  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  23.8 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  27.84 
 
 		 442 aa  70.1  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  22.77 
 
 		 418 aa  67.4  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 267 aa  65.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 477 aa  60.5  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.35 
 
 		 442 aa  57  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.93 
 
 		 425 aa  55.8  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  25.31 
 
 		 397 aa  54.3  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  30 
 
 		 159 aa  54.3  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  24.21 
 
 		 388 aa  53.9  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  28.57 
 
 		 407 aa  53.9  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  28.57 
 
 		 407 aa  53.5  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  25.93 
 
 		 799 aa  51.6  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.9 
 
 		 444 aa  49.7  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.11 
 
 		 433 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.32 
 
 		 456 aa  47.8  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  24.28 
 
 		 418 aa  47.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  26.15 
 
 		 354 aa  47.4  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  33.33 
 
 		 409 aa  47  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  20.54 
 
 		 401 aa  47  0.0008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  33.33 
 
 		 426 aa  46.6  0.0009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.5 
 
 		 457 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 		 419 aa  45.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 412 aa  45.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  26.09 
 
 		 233 aa  44.7  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.22 
 
 		 435 aa  44.7  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  24.4 
 
 		 354 aa  44.3  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  21.08 
 
 		 363 aa  43.9  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  24.54 
 
 		 175 aa  44.3  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  31.82 
 
 		 454 aa  43.9  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 368 aa  43.5  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  28.44 
 
 		 303 aa  43.5  0.009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>