140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4761 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  100 
 
 		 428 aa  875    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  43.1 
 
 		 431 aa  271  1e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  36.64 
 
 		 461 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  33.71 
 
 		 438 aa  223  7e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  34.62 
 
 		 425 aa  222  9.999999999999999e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  32.48 
 
 		 461 aa  199  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  36.16 
 
 		 464 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  30.93 
 
 		 422 aa  176  9e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  32.72 
 
 		 457 aa  174  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.99 
 
 		 456 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  33.06 
 
 		 477 aa  169  9e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  31.01 
 
 		 432 aa  168  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  30.48 
 
 		 436 aa  164  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  36.49 
 
 		 487 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.78 
 
 		 462 aa  161  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  34.34 
 
 		 453 aa  160  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  37.86 
 
 		 429 aa  159  9e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  36.93 
 
 		 448 aa  155  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.07 
 
 		 445 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  32.71 
 
 		 443 aa  149  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  34.04 
 
 		 458 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  31.14 
 
 		 437 aa  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 453 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  30.85 
 
 		 429 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  28.71 
 
 		 446 aa  142  9e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  26.42 
 
 		 474 aa  137  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  29.51 
 
 		 451 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  29.85 
 
 		 422 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  32.19 
 
 		 439 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  25.12 
 
 		 474 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  29.94 
 
 		 456 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  32.31 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  30.03 
 
 		 419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  31.01 
 
 		 429 aa  126  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.98 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  27 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  31.19 
 
 		 462 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 		 447 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  29.71 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.53 
 
 		 427 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  27.71 
 
 		 463 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.76 
 
 		 441 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.23 
 
 		 444 aa  107  5e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  25.17 
 
 		 458 aa  106  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  28.38 
 
 		 462 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 		 407 aa  104  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  26.82 
 
 		 457 aa  101  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 448 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.89 
 
 		 473 aa  100  5e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 		 477 aa  97.8  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  29.29 
 
 		 400 aa  92.8  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.43 
 
 		 435 aa  92.4  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.87 
 
 		 238 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.94 
 
 		 477 aa  90.5  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.57 
 
 		 419 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.57 
 
 		 419 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.74 
 
 		 390 aa  89  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  25.82 
 
 		 490 aa  86.7  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  31.9 
 
 		 595 aa  86.3  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  28.02 
 
 		 267 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.75 
 
 		 442 aa  85.1  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.84 
 
 		 464 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  26.73 
 
 		 547 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  22.86 
 
 		 447 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  26.36 
 
 		 380 aa  84  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.72 
 
 		 425 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  24.02 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.91 
 
 		 446 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  25.29 
 
 		 439 aa  81.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.64 
 
 		 433 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.96 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.12 
 
 		 492 aa  79.7  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  27.13 
 
 		 459 aa  77.4  0.0000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.99 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  26.7 
 
 		 418 aa  76.3  0.0000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.8 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  25.43 
 
 		 442 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  23.4 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.75 
 
 		 433 aa  71.2  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  21.46 
 
 		 442 aa  69.3  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.27 
 
 		 423 aa  69.7  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.43 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  22.32 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.01 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  22.39 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.11 
 
 		 479 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.5 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.64 
 
 		 642 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.39 
 
 		 442 aa  63.9  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  25.3 
 
 		 561 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  21.05 
 
 		 538 aa  59.7  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.91 
 
 		 435 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  24.7 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  29.52 
 
 		 611 aa  58.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.26 
 
 		 476 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>