141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2869 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 
448 aa  930    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  84.86 
 
 
464 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  38.18 
 
 
458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  35.01 
 
 
487 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  33.55 
 
 
477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.74 
 
 
456 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  31.52 
 
 
443 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  31.24 
 
 
457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.61 
 
 
453 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  40.41 
 
 
429 aa  193  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.13 
 
 
462 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  31.28 
 
 
438 aa  187  4e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  29.02 
 
 
461 aa  183  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  30.57 
 
 
456 aa  178  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.02 
 
 
422 aa  177  5e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  31.03 
 
 
451 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.28 
 
 
462 aa  172  9e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  30.08 
 
 
431 aa  171  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  30.75 
 
 
436 aa  166  8e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  29.45 
 
 
439 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  27.51 
 
 
453 aa  161  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  29.07 
 
 
441 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  29.94 
 
 
432 aa  161  3e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  28.36 
 
 
474 aa  159  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.81 
 
 
441 aa  159  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  44.57 
 
 
427 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  30.17 
 
 
413 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  29.53 
 
 
447 aa  155  2e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  36.93 
 
 
428 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.77 
 
 
419 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  37.11 
 
 
429 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  29.22 
 
 
425 aa  146  6e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  28.45 
 
 
474 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  26.9 
 
 
461 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.58 
 
 
445 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  27.09 
 
 
448 aa  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 
415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 
407 aa  132  9e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  26.97 
 
 
462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  26.39 
 
 
437 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 
463 aa  122  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.4 
 
 
433 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  35.05 
 
 
400 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  26.39 
 
 
446 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  31.29 
 
 
395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  29.43 
 
 
400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.61 
 
 
435 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  33.33 
 
 
419 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  33.33 
 
 
419 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  30.8 
 
 
267 aa  114  5e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  30.03 
 
 
416 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  29.66 
 
 
457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  30.82 
 
 
429 aa  108  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.41 
 
 
444 aa  106  8e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  26.3 
 
 
422 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.97 
 
 
442 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  27.18 
 
 
458 aa  99.8  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 
388 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  27.97 
 
 
429 aa  97.4  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  29.33 
 
 
514 aa  94.4  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 
425 aa  93.2  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  23.4 
 
 
426 aa  92  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.05 
 
 
412 aa  91.3  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  28.05 
 
 
439 aa  86.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 
485 aa  84  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.08 
 
 
423 aa  84  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.24 
 
 
439 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  26.67 
 
 
354 aa  81.3  0.00000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  27.04 
 
 
436 aa  80.1  0.00000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.75 
 
 
473 aa  79.7  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 
437 aa  79.7  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.54 
 
 
460 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.49 
 
 
401 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  28.5 
 
 
395 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.71 
 
 
237 aa  76.3  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.09 
 
 
390 aa  74.7  0.000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 
425 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  31.1 
 
 
392 aa  73.9  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.38 
 
 
465 aa  71.2  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.4 
 
 
386 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 
392 aa  70.5  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  29.7 
 
 
557 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.94 
 
 
457 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  21.28 
 
 
587 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.73 
 
 
433 aa  64.3  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  22.02 
 
 
469 aa  63.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.11 
 
 
422 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.48 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 
453 aa  62  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 
393 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  28.48 
 
 
180 aa  61.2  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 
442 aa  60.1  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 
374 aa  58.9  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.22 
 
 
425 aa  58.9  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.67 
 
 
386 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.19 
 
 
402 aa  57.8  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  31.65 
 
 
413 aa  57.4  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 
290 aa  56.6  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  27.22 
 
 
386 aa  55.8  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.5 
 
 
384 aa  56.2  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>