150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2875 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 390 aa  802    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  55.56 
 
 		 380 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.63 
 
 		 642 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.02 
 
 		 495 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.77 
 
 		 419 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.77 
 
 		 419 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  29.07 
 
 		 400 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  27.88 
 
 		 397 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  28.71 
 
 		 490 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  27.41 
 
 		 402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  35.54 
 
 		 532 aa  110  6e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.25 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.8 
 
 		 402 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.73 
 
 		 401 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  44.52 
 
 		 477 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.61 
 
 		 446 aa  98.6  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  38.15 
 
 		 459 aa  97.4  4e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  27.15 
 
 		 386 aa  96.3  8e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  27.6 
 
 		 420 aa  95.9  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 		 473 aa  93.2  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  33.53 
 
 		 590 aa  91.3  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 368 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.58 
 
 		 479 aa  89.7  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  28.24 
 
 		 263 aa  89.4  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  29.74 
 
 		 428 aa  89  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  36 
 
 		 447 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 400 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  25.95 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  25.22 
 
 		 391 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  26.2 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25.9 
 
 		 425 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 589 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  31.91 
 
 		 611 aa  80.1  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  35.58 
 
 		 561 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  31.71 
 
 		 422 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.83 
 
 		 436 aa  77.4  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.68 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  24.09 
 
 		 360 aa  76.3  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  33.12 
 
 		 482 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  28.81 
 
 		 492 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  34.19 
 
 		 595 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  22.76 
 
 		 436 aa  73.9  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.19 
 
 		 398 aa  73.9  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.32 
 
 		 584 aa  72.8  0.000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  34.25 
 
 		 407 aa  72.8  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 		 585 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  24.48 
 
 		 404 aa  70.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  47.89 
 
 		 364 aa  69.7  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.28 
 
 		 419 aa  69.7  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28.33 
 
 		 561 aa  69.7  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  28.33 
 
 		 563 aa  69.7  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  22.41 
 
 		 396 aa  69.3  0.0000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 612 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.86 
 
 		 572 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  30 
 
 		 428 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  21.88 
 
 		 393 aa  66.2  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.18 
 
 		 464 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  27.27 
 
 		 438 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.6 
 
 		 457 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  23.08 
 
 		 555 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.8 
 
 		 456 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  21.69 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  31.17 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.19 
 
 		 471 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 		 383 aa  61.2  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  37.38 
 
 		 547 aa  60.8  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  28.87 
 
 		 424 aa  59.7  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  29.41 
 
 		 390 aa  59.7  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  29.93 
 
 		 444 aa  59.7  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.25 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.54 
 
 		 453 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  29.69 
 
 		 236 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  22.95 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.22 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 500 aa  57.8  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 564 aa  57.4  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25 
 
 		 402 aa  57.4  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 		 633 aa  56.6  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  23.83 
 
 		 363 aa  56.6  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 575 aa  56.2  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  22.95 
 
 		 436 aa  55.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.19 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.86 
 
 		 439 aa  55.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  30.59 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  24.28 
 
 		 435 aa  55.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 420 aa  54.7  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 		 577 aa  53.9  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.56 
 
 		 435 aa  53.9  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  20.91 
 
 		 396 aa  53.9  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  22.59 
 
 		 394 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 		 238 aa  52.8  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  23.26 
 
 		 395 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  29.79 
 
 		 439 aa  52.4  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 		 450 aa  52.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  23.31 
 
 		 485 aa  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>