130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0835 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  100 
 
 		 561 aa  1143    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 563 aa  1147    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  53.83 
 
 		 612 aa  570  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  43.49 
 
 		 589 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  42.83 
 
 		 633 aa  385  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  40.86 
 
 		 584 aa  373  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  42.83 
 
 		 577 aa  372  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  39.93 
 
 		 611 aa  359  9e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  41.41 
 
 		 585 aa  357  5e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  41.03 
 
 		 616 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  41 
 
 		 571 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  39.33 
 
 		 547 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  36.14 
 
 		 561 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  36.41 
 
 		 576 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  36.78 
 
 		 564 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  36.09 
 
 		 578 aa  242  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.92 
 
 		 565 aa  238  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  34.34 
 
 		 575 aa  233  6e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  33.05 
 
 		 590 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  33.99 
 
 		 597 aa  225  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  39.34 
 
 		 575 aa  217  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  29.79 
 
 		 557 aa  190  8e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.51 
 
 		 532 aa  184  3e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  40.62 
 
 		 528 aa  182  1e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  31.12 
 
 		 557 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.37 
 
 		 572 aa  176  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 556 aa  170  8e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  30.09 
 
 		 501 aa  152  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  32.24 
 
 		 398 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  29.73 
 
 		 492 aa  140  6e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  41.18 
 
 		 390 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  29.28 
 
 		 565 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.97 
 
 		 495 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  36.09 
 
 		 400 aa  112  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  40.29 
 
 		 403 aa  108  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  35.56 
 
 		 408 aa  106  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  30.92 
 
 		 447 aa  104  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  28.37 
 
 		 587 aa  100  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 		 520 aa  100  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  27.58 
 
 		 457 aa  96.7  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  35.46 
 
 		 381 aa  94  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  36.25 
 
 		 436 aa  91.3  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  31.46 
 
 		 425 aa  90.5  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  32.64 
 
 		 424 aa  88.6  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.54 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.21 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  27 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.92 
 
 		 443 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  35 
 
 		 372 aa  82.8  0.00000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  24.24 
 
 		 444 aa  80.5  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 		 413 aa  79  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  34.18 
 
 		 482 aa  79  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  37.6 
 
 		 438 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.58 
 
 		 477 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  51.35 
 
 		 86 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  38.14 
 
 		 555 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  22.29 
 
 		 477 aa  72.4  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  30.06 
 
 		 419 aa  70.9  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.33 
 
 		 390 aa  69.7  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 405 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.32 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  27.38 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  53.33 
 
 		 292 aa  67  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  20.69 
 
 		 438 aa  66.2  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 		 435 aa  65.1  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  34.96 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  25.61 
 
 		 451 aa  62  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  36.63 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.96 
 
 		 493 aa  61.2  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  24.7 
 
 		 420 aa  60.8  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.63 
 
 		 562 aa  60.5  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.84 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.26 
 
 		 462 aa  59.3  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.73 
 
 		 464 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.34 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.17 
 
 		 399 aa  58.5  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  27.78 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  26.59 
 
 		 469 aa  57  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.92 
 
 		 456 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.43 
 
 		 401 aa  55.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  20.92 
 
 		 476 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  51.61 
 
 		 460 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.86 
 
 		 413 aa  55.5  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  21.49 
 
 		 479 aa  55.1  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  63.41 
 
 		 547 aa  54.7  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  24.34 
 
 		 415 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.81 
 
 		 237 aa  54.7  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1954  restriction endonuclease S subunit  28.21 
 
 		 216 aa  54.3  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  22.82 
 
 		 495 aa  53.9  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 		 425 aa  53.9  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 409 aa  53.9  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 409 aa  53.9  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 429 aa  53.9  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.33 
 
 		 419 aa  53.9  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.9 
 
 		 422 aa  53.9  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 402 aa  53.5  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  29.77 
 
 		 399 aa  53.5  0.000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 440 aa  53.5  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  54.76 
 
 		 58 aa  52.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  20.95 
 
 		 490 aa  52  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>