111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4742 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 576 aa  1170    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  40.41 
 
 		 547 aa  343  7e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  40.65 
 
 		 561 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  60.52 
 
 		 577 aa  331  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  36.41 
 
 		 563 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  36.41 
 
 		 561 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  34.81 
 
 		 611 aa  270  4e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  34.33 
 
 		 584 aa  265  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  34.98 
 
 		 589 aa  264  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  34.61 
 
 		 612 aa  261  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  35.33 
 
 		 585 aa  258  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  33.5 
 
 		 633 aa  248  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  31.27 
 
 		 575 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  33.89 
 
 		 616 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  33.22 
 
 		 571 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  31.51 
 
 		 565 aa  221  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  29.9 
 
 		 557 aa  216  8e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  31.84 
 
 		 564 aa  211  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  32.13 
 
 		 575 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.68 
 
 		 597 aa  192  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 590 aa  192  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  29.48 
 
 		 557 aa  191  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  40.38 
 
 		 578 aa  190  7e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.79 
 
 		 572 aa  169  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.15 
 
 		 565 aa  146  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  29.54 
 
 		 398 aa  140  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.48 
 
 		 528 aa  139  1e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 		 556 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  43.27 
 
 		 315 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  35.18 
 
 		 236 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  24.15 
 
 		 532 aa  126  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  38.46 
 
 		 387 aa  120  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 423 aa  111  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.43 
 
 		 401 aa  109  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  29.79 
 
 		 495 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  29.02 
 
 		 354 aa  100  6e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.84 
 
 		 520 aa  94.7  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.19 
 
 		 495 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  31.32 
 
 		 436 aa  92  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  26.7 
 
 		 439 aa  87.4  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  26.89 
 
 		 447 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  28.1 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  26.95 
 
 		 492 aa  80.1  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  21.85 
 
 		 479 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  21.71 
 
 		 477 aa  77  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  31.85 
 
 		 418 aa  73.9  0.000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  25.86 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  27.68 
 
 		 469 aa  67.4  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.39 
 
 		 471 aa  66.2  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.85 
 
 		 460 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.94 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  31.55 
 
 		 420 aa  65.1  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  23.13 
 
 		 595 aa  64.7  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.08 
 
 		 493 aa  63.5  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  21.15 
 
 		 490 aa  63.2  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.75 
 
 		 477 aa  62  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  25.18 
 
 		 587 aa  61.2  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  48.65 
 
 		 86 aa  61.6  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.48 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 435 aa  59.3  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  22.93 
 
 		 450 aa  58.9  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  24.1 
 
 		 501 aa  59.3  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  50 
 
 		 292 aa  59.3  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  31.9 
 
 		 400 aa  58.9  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.91 
 
 		 456 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.25 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  27.84 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 429 aa  56.6  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  30.53 
 
 		 162 aa  55.1  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 461 aa  55.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.75 
 
 		 453 aa  54.3  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 453 aa  54.3  0.000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  26.95 
 
 		 419 aa  54.3  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  26.07 
 
 		 464 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  21.8 
 
 		 438 aa  53.9  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24.6 
 
 		 514 aa  53.9  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  22.93 
 
 		 444 aa  53.5  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.39 
 
 		 435 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.49 
 
 		 419 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  40.85 
 
 		 391 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.49 
 
 		 419 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  27.46 
 
 		 402 aa  52  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  23.46 
 
 		 411 aa  52  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.85 
 
 		 386 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 397 aa  51.6  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  27.41 
 
 		 402 aa  51.6  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 		 375 aa  51.6  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  24.39 
 
 		 775 aa  50.8  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 423 aa  50.4  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  19.36 
 
 		 547 aa  49.7  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  58.7 
 
 		 532 aa  49.7  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.21 
 
 		 237 aa  49.7  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  58.97 
 
 		 58 aa  48.5  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.7 
 
 		 464 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  25.45 
 
 		 432 aa  48.1  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.71 
 
 		 390 aa  47.8  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 442 aa  48.1  0.0005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  27.34 
 
 		 538 aa  47.8  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.38 
 
 		 419 aa  46.6  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 		 451 aa  46.6  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>