182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1132 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
556 aa  1143    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  31.32 
 
 
616 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  26.07 
 
 
612 aa  210  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  28.62 
 
 
577 aa  197  6e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 
611 aa  184  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.17 
 
 
584 aa  181  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  26.38 
 
 
585 aa  171  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.6 
 
 
561 aa  170  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  26.6 
 
 
563 aa  170  8e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  26.34 
 
 
547 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 
633 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.59 
 
 
589 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 
557 aa  161  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  24.87 
 
 
571 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  26.04 
 
 
561 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  40.46 
 
 
528 aa  140  8.999999999999999e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  24.13 
 
 
590 aa  137  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.31 
 
 
565 aa  133  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  24.53 
 
 
576 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  26.14 
 
 
565 aa  128  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  24.06 
 
 
557 aa  127  7e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.66 
 
 
572 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  24.34 
 
 
564 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  22.77 
 
 
575 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.55 
 
 
520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 
578 aa  114  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  33.78 
 
 
399 aa  110  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.51 
 
 
477 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.33 
 
 
476 aa  107  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  22.64 
 
 
597 aa  105  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  34.78 
 
 
364 aa  103  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  22.63 
 
 
575 aa  99  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 
477 aa  97.4  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  22.11 
 
 
501 aa  96.7  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  21.24 
 
 
532 aa  91.3  4e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  36.49 
 
 
1285 aa  89.7  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  32.77 
 
 
382 aa  87.8  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  29.94 
 
 
461 aa  87.4  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.52 
 
 
492 aa  85.9  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  27.52 
 
 
414 aa  84.3  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.67 
 
 
495 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 
479 aa  81.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  26.33 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  36.08 
 
 
403 aa  78.6  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 
511 aa  77  0.0000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  22.34 
 
 
587 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  32.3 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 
438 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  32.81 
 
 
426 aa  74.3  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.5 
 
 
462 aa  73.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 
435 aa  73.2  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  28.64 
 
 
426 aa  72  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.22 
 
 
457 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.27 
 
 
490 aa  72  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.48 
 
 
419 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.63 
 
 
409 aa  70.9  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.11 
 
 
493 aa  70.1  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.23 
 
 
532 aa  70.1  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  21.74 
 
 
444 aa  69.3  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.82 
 
 
435 aa  67.8  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 
425 aa  67.4  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  30.54 
 
 
453 aa  67.4  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.74 
 
 
406 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.39 
 
 
417 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  20.89 
 
 
447 aa  65.1  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.98 
 
 
390 aa  65.1  0.000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 
386 aa  64.7  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 
400 aa  64.3  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.08 
 
 
456 aa  63.9  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 
420 aa  63.5  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  25.69 
 
 
456 aa  62  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  28.48 
 
 
425 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.22 
 
 
401 aa  62  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  26 
 
 
420 aa  61.6  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 
547 aa  60.8  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 
237 aa  60.8  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  29.12 
 
 
438 aa  60.1  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  24.12 
 
 
464 aa  60.5  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  28.19 
 
 
400 aa  59.7  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  27.41 
 
 
456 aa  60.1  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.55 
 
 
424 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  29.77 
 
 
415 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  27.91 
 
 
267 aa  58.9  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 
429 aa  59.3  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  29.63 
 
 
775 aa  58.5  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  26.92 
 
 
422 aa  58.5  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  28.63 
 
 
474 aa  58.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.88 
 
 
442 aa  58.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  20.83 
 
 
323 aa  58.2  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 
427 aa  57.8  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  21.58 
 
 
514 aa  57.4  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 
409 aa  57.4  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  24.1 
 
 
460 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  20.81 
 
 
465 aa  56.6  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.86 
 
 
422 aa  56.6  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  27.46 
 
 
402 aa  56.6  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  29.14 
 
 
420 aa  56.6  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 
392 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.49 
 
 
477 aa  55.5  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1001  hypothetical protein  27.81 
 
 
196 aa  54.7  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.02856  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>