144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1204 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 547 aa  1123    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  39.05 
 
 		 595 aa  319  6e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  44.09 
 
 		 538 aa  266  5.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  34.32 
 
 		 479 aa  239  6.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  32.99 
 
 		 514 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  36.24 
 
 		 511 aa  190  5e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 		 477 aa  169  9e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  30.21 
 
 		 492 aa  161  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.7 
 
 		 477 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  26.82 
 
 		 490 aa  139  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  29.02 
 
 		 447 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.09 
 
 		 471 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.16 
 
 		 495 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.05 
 
 		 501 aa  121  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  26.52 
 
 		 585 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  28.42 
 
 		 457 aa  117  6.9999999999999995e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.31 
 
 		 464 aa  115  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  28.75 
 
 		 450 aa  106  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.73 
 
 		 611 aa  100  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.28 
 
 		 520 aa  100  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 561 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.62 
 
 		 587 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23.26 
 
 		 495 aa  92  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 		 589 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  20 
 
 		 557 aa  87.8  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  30.24 
 
 		 469 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  22.85 
 
 		 577 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.73 
 
 		 428 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  21.5 
 
 		 575 aa  84  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  27.5 
 
 		 442 aa  83.6  0.000000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.11 
 
 		 493 aa  83.2  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.45 
 
 		 476 aa  82.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  30.09 
 
 		 459 aa  79.7  0.0000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  23.82 
 
 		 575 aa  79  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.07 
 
 		 419 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.07 
 
 		 419 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.62 
 
 		 386 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 		 633 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.31 
 
 		 460 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.13 
 
 		 459 aa  73.6  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  27.5 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.31 
 
 		 238 aa  72.8  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  25.87 
 
 		 578 aa  72.8  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  23.92 
 
 		 374 aa  71.2  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  28.49 
 
 		 454 aa  70.5  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.88 
 
 		 532 aa  70.1  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  22.44 
 
 		 528 aa  69.7  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.88 
 
 		 237 aa  68.6  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  20.04 
 
 		 435 aa  66.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.89 
 
 		 433 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.76 
 
 		 584 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 		 397 aa  63.5  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 		 392 aa  63.5  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.09 
 
 		 444 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.75 
 
 		 456 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  27.17 
 
 		 612 aa  62.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 416 aa  62  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 436 aa  61.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  26.64 
 
 		 1343 aa  61.2  0.00000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.38 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 		 556 aa  60.8  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  22.94 
 
 		 417 aa  60.5  0.00000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  22.09 
 
 		 438 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 		 400 aa  60.1  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  31.3 
 
 		 453 aa  60.1  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.23 
 
 		 413 aa  60.1  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  26.19 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 		 402 aa  59.3  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  24.64 
 
 		 453 aa  58.5  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.86 
 
 		 642 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 616 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.26 
 
 		 532 aa  56.6  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  30.72 
 
 		 380 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.48 
 
 		 565 aa  56.2  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 		 564 aa  55.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  19.4 
 
 		 451 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.33 
 
 		 456 aa  55.5  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.4 
 
 		 238 aa  55.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  63.41 
 
 		 563 aa  54.7  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  25.49 
 
 		 404 aa  54.3  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  63.41 
 
 		 561 aa  54.7  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 590 aa  53.9  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  24.64 
 
 		 418 aa  53.9  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  26.29 
 
 		 162 aa  53.5  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  29.37 
 
 		 416 aa  53.1  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.73 
 
 		 439 aa  53.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.12 
 
 		 419 aa  52.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  31.53 
 
 		 151 aa  52.8  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  29.75 
 
 		 441 aa  52.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  26.32 
 
 		 400 aa  52  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.82 
 
 		 406 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  60.47 
 
 		 597 aa  51.6  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  21.95 
 
 		 565 aa  51.6  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  24.72 
 
 		 571 aa  51.6  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  19.55 
 
 		 576 aa  51.2  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  52.83 
 
 		 547 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>