99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1433 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 372 aa  758    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  50 
 
 		 363 aa  319  5e-86  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  32.28 
 
 		 436 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  50.68 
 
 		 412 aa  137  4e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  33.18 
 
 		 408 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  30.37 
 
 		 403 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.59 
 
 		 453 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  32.7 
 
 		 477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  36.05 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  36.05 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.17 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  32.38 
 
 		 611 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 393 aa  99.8  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 391 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  30.88 
 
 		 396 aa  92.8  9e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  36.55 
 
 		 381 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.98 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.34 
 
 		 400 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.53 
 
 		 393 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.36 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  25.19 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  35 
 
 		 561 aa  82.8  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  35 
 
 		 563 aa  82.8  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  25.99 
 
 		 775 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  27.11 
 
 		 380 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  25.21 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  23.75 
 
 		 392 aa  72.8  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  25.7 
 
 		 364 aa  71.6  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.21 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  23.46 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  25.72 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.91 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 438 aa  67.8  0.0000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  24.09 
 
 		 405 aa  65.5  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.11 
 
 		 388 aa  65.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  23.46 
 
 		 416 aa  65.1  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  29.41 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  28.22 
 
 		 633 aa  63.2  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.56 
 
 		 413 aa  62.4  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  28.46 
 
 		 340 aa  62.4  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  25.54 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  23.51 
 
 		 383 aa  59.7  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.1 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.17 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  30.41 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  20.75 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  22.09 
 
 		 469 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  20.75 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  21.76 
 
 		 420 aa  57  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  25.87 
 
 		 386 aa  56.6  0.0000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  29.85 
 
 		 460 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.49 
 
 		 495 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.61 
 
 		 427 aa  55.1  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  23.58 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  21.57 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.54 
 
 		 419 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.66 
 
 		 439 aa  54.3  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  25.55 
 
 		 387 aa  53.5  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.06 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  33.8 
 
 		 500 aa  51.2  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.6 
 
 		 432 aa  50.4  0.00004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 		 642 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 		 429 aa  50.8  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.15 
 
 		 456 aa  50.4  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  27.74 
 
 		 448 aa  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 368 aa  49.7  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1954  restriction endonuclease S subunit  24.29 
 
 		 216 aa  49.7  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  27.78 
 
 		 411 aa  49.7  0.00009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  27.78 
 
 		 411 aa  49.7  0.00009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 394 aa  48.9  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  19.94 
 
 		 411 aa  48.9  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 473 aa  48.1  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  26.89 
 
 		 432 aa  47.8  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  21.89 
 
 		 416 aa  47.8  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  26.83 
 
 		 514 aa  47.8  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.48 
 
 		 620 aa  47.8  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  30.3 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.54 
 
 		 406 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.64 
 
 		 442 aa  47  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  23 
 
 		 395 aa  47  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 		 392 aa  46.6  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.2 
 
 		 459 aa  46.6  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.27 
 
 		 456 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 		 374 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  25.55 
 
 		 464 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.53 
 
 		 427 aa  45.4  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  22.74 
 
 		 360 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.52 
 
 		 562 aa  45.1  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  24.88 
 
 		 412 aa  44.7  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.61 
 
 		 409 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2785  type I restriction enzyme EcoR124II specificity protein  33.63 
 
 		 121 aa  44.3  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.302167 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  30.61 
 
 		 426 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  25.29 
 
 		 532 aa  43.9  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.1 
 
 		 465 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.29 
 
 		 572 aa  43.9  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  19.57 
 
 		 461 aa  43.1  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>