124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1144 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 473 aa  955    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  26.49 
 
 		 555 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  27.29 
 
 		 482 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.12 
 
 		 456 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 		 402 aa  100  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.77 
 
 		 390 aa  98.2  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  32.75 
 
 		 429 aa  94.4  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0545  hypothetical protein  25.13 
 
 		 701 aa  93.6  6e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.3 
 
 		 400 aa  89.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 		 456 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  26.41 
 
 		 453 aa  88.2  3e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20390  hypothetical protein  24.52 
 
 		 471 aa  85.5  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.123185  normal  0.078354 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.94 
 
 		 442 aa  82.8  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.53 
 
 		 495 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.89 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 461 aa  79.3  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.67 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3246  hypothetical protein  21.63 
 
 		 454 aa  72  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.08 
 
 		 477 aa  70.9  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2785  type I restriction enzyme EcoR124II specificity protein  33.33 
 
 		 121 aa  70.9  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.302167 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.23 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  32.77 
 
 		 405 aa  67.8  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0733  putative DNA methylase-type I restriction-modification system  32.41 
 
 		 110 aa  67.4  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.28 
 
 		 460 aa  66.6  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  25.75 
 
 		 459 aa  66.6  0.0000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  27.6 
 
 		 438 aa  66.2  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  24.36 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  24.36 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0920  hypothetical protein  25 
 
 		 460 aa  65.9  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24 
 
 		 490 aa  65.1  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.69 
 
 		 642 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.04 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.35 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.49 
 
 		 435 aa  64.7  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  26.92 
 
 		 476 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1460  type I restriction-modification system, S subunit, putative  20 
 
 		 446 aa  62.4  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.7 
 
 		 384 aa  62  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.65 
 
 		 425 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  26.52 
 
 		 380 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  19.34 
 
 		 464 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0323  hypothetical protein  19.36 
 
 		 493 aa  61.6  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.183505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  28.28 
 
 		 730 aa  61.2  0.00000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.25 
 
 		 453 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 520 aa  60.8  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  21.68 
 
 		 436 aa  60.5  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  20.95 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2173  hypothetical protein  26.36 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11275  normal  0.026924 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  27.74 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  27.21 
 
 		 453 aa  59.3  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.53 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  27.74 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.17 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  22.26 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 595 aa  57.8  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3440  N-6 DNA methylase  25.9 
 
 		 629 aa  57.8  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000836739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25 
 
 		 471 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  31.03 
 
 		 775 aa  57  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0839  type I restriction-modification system, M subunit, putative  22.56 
 
 		 613 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.52707  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  26.35 
 
 		 432 aa  56.6  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.46 
 
 		 400 aa  56.6  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.11 
 
 		 411 aa  56.6  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 633 aa  56.2  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  27.32 
 
 		 394 aa  55.8  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  28.83 
 
 		 412 aa  55.5  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0973  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.59 
 
 		 228 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.579133 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23 
 
 		 412 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.26 
 
 		 465 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.18 
 
 		 462 aa  54.7  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 428 aa  53.9  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  22.44 
 
 		 477 aa  54.3  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  27.64 
 
 		 469 aa  53.5  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  28.33 
 
 		 386 aa  52.8  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  28.74 
 
 		 589 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.7 
 
 		 390 aa  52.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  35.21 
 
 		 447 aa  52  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  29.85 
 
 		 1362 aa  51.2  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  21.64 
 
 		 479 aa  50.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  26.56 
 
 		 427 aa  50.8  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1148  hypothetical protein  22.81 
 
 		 427 aa  50.4  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00179115  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  24.38 
 
 		 563 aa  50.4  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  24.38 
 
 		 561 aa  50.4  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.49 
 
 		 556 aa  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  26.04 
 
 		 416 aa  49.7  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  28.42 
 
 		 457 aa  49.7  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 407 aa  49.3  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0941  restriction modification system DNA specificity subunit  26.56 
 
 		 195 aa  49.7  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.172748  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  27.33 
 
 		 263 aa  49.7  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.64 
 
 		 611 aa  49.3  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.36 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.59 
 
 		 406 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 372 aa  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0792  N-6 DNA methylase  25.28 
 
 		 621 aa  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.869542  hitchhiker  0.0032636 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.49 
 
 		 462 aa  47.8  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  25.73 
 
 		 424 aa  47.8  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  22.92 
 
 		 405 aa  48.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  26.21 
 
 		 375 aa  47.8  0.0004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>