121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0873 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 375 aa  763    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  33.51 
 
 		 412 aa  222  8e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  30.18 
 
 		 436 aa  186  8e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  46.45 
 
 		 483 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  35.06 
 
 		 438 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  35.5 
 
 		 425 aa  172  6.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  26.92 
 
 		 418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  26.92 
 
 		 418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  31.1 
 
 		 385 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  37.43 
 
 		 411 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.59 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  35 
 
 		 406 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  34.09 
 
 		 469 aa  96.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  30.06 
 
 		 424 aa  85.5  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  20.48 
 
 		 411 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  20.48 
 
 		 411 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 561 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.28 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.46 
 
 		 428 aa  74.7  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  23.14 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.85 
 
 		 422 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  32.1 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 479 aa  66.6  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  19.51 
 
 		 451 aa  66.2  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 		 453 aa  65.5  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  29.61 
 
 		 775 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  31.58 
 
 		 730 aa  63.9  0.000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  26.06 
 
 		 492 aa  62.8  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 		 454 aa  62  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.5 
 
 		 456 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  28.15 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  23.87 
 
 		 412 aa  62  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  21.61 
 
 		 775 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 485 aa  59.7  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  24.81 
 
 		 576 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  21.66 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.9 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0941  restriction modification system DNA specificity subunit  32.34 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.172748  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3246  hypothetical protein  26.59 
 
 		 454 aa  57  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  24.45 
 
 		 420 aa  56.2  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 		 563 aa  56.2  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25.7 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 402 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  25 
 
 		 561 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.44 
 
 		 401 aa  55.5  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.64 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  23.29 
 
 		 296 aa  55.5  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  23.88 
 
 		 380 aa  55.1  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.93 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.17 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.76 
 
 		 495 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  29 
 
 		 398 aa  53.9  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  20.57 
 
 		 405 aa  53.5  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  30.7 
 
 		 393 aa  53.1  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.69 
 
 		 390 aa  53.1  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 195 aa  52.8  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  26.4 
 
 		 416 aa  51.6  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.95 
 
 		 446 aa  52  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  20 
 
 		 547 aa  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  20.99 
 
 		 442 aa  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  23.18 
 
 		 577 aa  51.6  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  27.82 
 
 		 453 aa  52  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 438 aa  51.6  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0792  N-6 DNA methylase  31.88 
 
 		 621 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.869542  hitchhiker  0.0032636 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  30.43 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  20 
 
 		 422 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25.27 
 
 		 303 aa  50.8  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.39 
 
 		 413 aa  50.4  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 		 391 aa  50.1  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  31.88 
 
 		 549 aa  49.7  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.02 
 
 		 419 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  21.69 
 
 		 595 aa  49.7  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0839  type I restriction-modification system, M subunit, putative  25.77 
 
 		 613 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.52707  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.38 
 
 		 427 aa  49.3  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  25.49 
 
 		 473 aa  48.9  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  20.29 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.86 
 
 		 453 aa  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  20.41 
 
 		 415 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  23.18 
 
 		 394 aa  47  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 612 aa  47.4  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  24.07 
 
 		 351 aa  46.6  0.0007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 457 aa  46.6  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 409 aa  46.2  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 409 aa  46.2  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  24.22 
 
 		 532 aa  45.4  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  26.12 
 
 		 495 aa  45.4  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  27.48 
 
 		 444 aa  45.8  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.17 
 
 		 401 aa  45.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0560  type I restriction enzyme, specificity subunit  27.21 
 
 		 192 aa  45.8  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.75 
 
 		 194 aa  45.8  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  29.87 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.14 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  22.22 
 
 		 555 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  20.12 
 
 		 401 aa  46.2  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>