114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4007 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  100 
 
 		 412 aa  854    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  39.25 
 
 		 436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  40.46 
 
 		 425 aa  230  4e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  40.62 
 
 		 438 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  33.51 
 
 		 375 aa  213  5.999999999999999e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  32.65 
 
 		 418 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  32.65 
 
 		 418 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  44.97 
 
 		 483 aa  179  8e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  37.31 
 
 		 385 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  47.09 
 
 		 462 aa  168  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  41.62 
 
 		 453 aa  137  5e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.22 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.55 
 
 		 447 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  26.04 
 
 		 453 aa  121  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  34.24 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  27.53 
 
 		 404 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  26.1 
 
 		 397 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  28.38 
 
 		 380 aa  109  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.02 
 
 		 438 aa  107  4e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  26.29 
 
 		 412 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.61 
 
 		 432 aa  99  1e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.25 
 
 		 373 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  25.63 
 
 		 411 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  25.63 
 
 		 411 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  23.83 
 
 		 419 aa  94.4  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  24.29 
 
 		 422 aa  87.8  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  24.62 
 
 		 416 aa  87.4  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.29 
 
 		 415 aa  86.3  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.32 
 
 		 438 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  23.44 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  43.81 
 
 		 428 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  22.33 
 
 		 420 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  23.95 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.49 
 
 		 384 aa  77  0.0000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  29.85 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  31.47 
 
 		 561 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  28.44 
 
 		 400 aa  74.7  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 440 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.78 
 
 		 479 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.64 
 
 		 429 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  24.47 
 
 		 422 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.29 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  29.89 
 
 		 485 aa  71.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.59 
 
 		 428 aa  70.5  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  21.61 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  25.71 
 
 		 398 aa  67  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  22.51 
 
 		 411 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  24.47 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  24.47 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  20.52 
 
 		 405 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  26.3 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.87 
 
 		 446 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.38 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  25.17 
 
 		 415 aa  62  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.35 
 
 		 401 aa  61.6  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 409 aa  62  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 409 aa  62  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  21.49 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.48 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 414 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  21.64 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.89 
 
 		 620 aa  60.1  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  20.52 
 
 		 436 aa  59.7  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  23.62 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.18 
 
 		 400 aa  59.7  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  28.97 
 
 		 577 aa  59.3  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.29 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.29 
 
 		 495 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  37.63 
 
 		 549 aa  57.4  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  23.88 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.03 
 
 		 471 aa  57  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.09 
 
 		 532 aa  56.6  0.0000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  28.5 
 
 		 420 aa  55.8  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 461 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  26.57 
 
 		 429 aa  55.5  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 		 457 aa  55.1  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  22.2 
 
 		 425 aa  54.3  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25.37 
 
 		 477 aa  53.5  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.61 
 
 		 427 aa  53.1  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  29.09 
 
 		 451 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 556 aa  52.4  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.38 
 
 		 439 aa  52.4  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.85 
 
 		 425 aa  51.6  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.27 
 
 		 528 aa  51.2  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  21.71 
 
 		 416 aa  50.8  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 402 aa  50.8  0.00005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.72 
 
 		 492 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  22.17 
 
 		 612 aa  48.9  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.31 
 
 		 413 aa  48.1  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 		 442 aa  47.8  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  24.9 
 
 		 363 aa  47.8  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  28.87 
 
 		 435 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 456 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  23.98 
 
 		 427 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  28 
 
 		 563 aa  47  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28 
 
 		 561 aa  47  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  20.11 
 
 		 402 aa  47  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>