155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3081 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 
415 aa  860    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  50.15 
 
 
401 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  34.77 
 
 
453 aa  239  9e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  34.48 
 
 
430 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  33.25 
 
 
412 aa  197  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  47.96 
 
 
411 aa  188  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  37.09 
 
 
373 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  36.56 
 
 
398 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  38.46 
 
 
405 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  40.2 
 
 
394 aa  149  8e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  41.3 
 
 
428 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  34.95 
 
 
775 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  40.45 
 
 
456 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.78 
 
 
429 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.07 
 
 
447 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  41.38 
 
 
425 aa  100  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  26.42 
 
 
405 aa  98.2  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  42.18 
 
 
549 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  23.29 
 
 
412 aa  86.3  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  30.37 
 
 
469 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  25.14 
 
 
487 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  24.11 
 
 
396 aa  85.9  0.000000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  32.98 
 
 
538 aa  85.5  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.06 
 
 
444 aa  84  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 
434 aa  84  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  30.48 
 
 
429 aa  84.3  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  31.08 
 
 
463 aa  83.2  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.41 
 
 
384 aa  82.8  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.21 
 
 
471 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  28.46 
 
 
416 aa  77.4  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.37 
 
 
428 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  24.86 
 
 
846 aa  76.6  0.0000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.93 
 
 
459 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25.59 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  29.19 
 
 
393 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0211  N-6 DNA methylase  31.78 
 
 
712 aa  72  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.35 
 
 
413 aa  71.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  32.37 
 
 
429 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.71 
 
 
422 aa  70.1  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  25.87 
 
 
453 aa  69.7  0.00000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.76 
 
 
402 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 
433 aa  69.3  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  19.2 
 
 
438 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.33 
 
 
411 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.09 
 
 
400 aa  67  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  26.63 
 
 
422 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  31.03 
 
 
412 aa  66.2  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  22.17 
 
 
451 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 
290 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.84 
 
 
390 aa  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 
402 aa  65.1  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.25 
 
 
465 aa  64.7  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 
435 aa  64.7  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  29.45 
 
 
424 aa  64.3  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 
454 aa  64.3  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  29.19 
 
 
390 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  33.04 
 
 
364 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  39.09 
 
 
649 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  29.03 
 
 
453 aa  62.4  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  24.74 
 
 
411 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  24.74 
 
 
411 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  32.64 
 
 
575 aa  60.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.09 
 
 
565 aa  60.1  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 
419 aa  59.7  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  27 
 
 
416 aa  58.9  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  22.15 
 
 
442 aa  59.3  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  30.06 
 
 
495 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  24.89 
 
 
436 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 
462 aa  58.2  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 
485 aa  57.8  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  24.33 
 
 
416 aa  57.4  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 
390 aa  57.4  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  23.03 
 
 
400 aa  57.4  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.74 
 
 
423 aa  57.4  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.89 
 
 
456 aa  56.2  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23 
 
 
423 aa  56.2  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  21.88 
 
 
446 aa  55.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.5 
 
 
520 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.43 
 
 
461 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 
447 aa  54.3  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 
556 aa  54.3  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  22.36 
 
 
391 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  31.78 
 
 
1362 aa  53.9  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.47 
 
 
460 aa  53.5  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  19.68 
 
 
435 aa  53.5  0.000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3440  N-6 DNA methylase  29.13 
 
 
629 aa  53.1  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000836739  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  31.72 
 
 
401 aa  53.1  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  27.57 
 
 
565 aa  53.1  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  20.7 
 
 
425 aa  52.4  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  31.03 
 
 
404 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.33 
 
 
412 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  19.33 
 
 
420 aa  51.2  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 
417 aa  51.6  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  19.95 
 
 
405 aa  50.8  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  30.19 
 
 
435 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  36.11 
 
 
597 aa  50.4  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  26.9 
 
 
448 aa  50.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  26.37 
 
 
476 aa  50.1  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.43 
 
 
456 aa  49.7  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  26.67 
 
 
392 aa  49.7  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>