122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2926 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 434 aa  889    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  27.27 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.13 
 
 		 444 aa  123  7e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  32.82 
 
 		 442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  30.04 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.66 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  30.45 
 
 		 439 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  23.86 
 
 		 412 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  30.14 
 
 		 433 aa  102  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.77 
 
 		 471 aa  99.8  9e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  26.52 
 
 		 398 aa  97.4  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  27.17 
 
 		 396 aa  97.4  4e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.8 
 
 		 424 aa  96.7  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  35.03 
 
 		 538 aa  96.3  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 		 425 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  25.07 
 
 		 463 aa  95.1  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.3 
 
 		 429 aa  94.7  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.83 
 
 		 413 aa  92.4  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  38.31 
 
 		 549 aa  91.3  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  37.8 
 
 		 425 aa  90.9  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  24.46 
 
 		 846 aa  90.5  6e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.39 
 
 		 429 aa  90.1  7e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  26.57 
 
 		 290 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  28.57 
 
 		 469 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.73 
 
 		 373 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  31.5 
 
 		 429 aa  86.7  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.34 
 
 		 423 aa  86.7  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.84 
 
 		 390 aa  85.9  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  33.11 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.56 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.82 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  27.64 
 
 		 435 aa  83.2  0.000000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  32.43 
 
 		 649 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  31.07 
 
 		 425 aa  82.4  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  34.55 
 
 		 364 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  23.46 
 
 		 401 aa  80.9  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.34 
 
 		 565 aa  80.5  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  35.71 
 
 		 412 aa  79.7  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 		 429 aa  77.8  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  23.1 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  28.57 
 
 		 426 aa  75.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 575 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.97 
 
 		 374 aa  72.8  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  26.15 
 
 		 428 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.73 
 
 		 564 aa  72  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  26.2 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.01 
 
 		 442 aa  69.7  0.0000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 238 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  32.21 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  21.84 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.33 
 
 		 425 aa  67.8  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.69 
 
 		 417 aa  66.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.4 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.6 
 
 		 433 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.36 
 
 		 428 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  28.18 
 
 		 453 aa  64.3  0.000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 		 454 aa  63.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.8 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  34.91 
 
 		 597 aa  61.6  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.26 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.65 
 
 		 435 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  22.6 
 
 		 453 aa  60.1  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 		 417 aa  60.1  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.45 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.92 
 
 		 477 aa  58.9  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.66 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28.47 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  25.07 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.97 
 
 		 428 aa  57  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.25 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  23.93 
 
 		 428 aa  56.2  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  24.66 
 
 		 457 aa  55.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  28.38 
 
 		 430 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 420 aa  54.7  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  25.7 
 
 		 448 aa  54.3  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.38 
 
 		 388 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  21.73 
 
 		 416 aa  52.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 417 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  23.99 
 
 		 456 aa  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.42 
 
 		 461 aa  50.8  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  23.32 
 
 		 315 aa  51.2  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25.3 
 
 		 412 aa  51.2  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.07 
 
 		 620 aa  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  21.88 
 
 		 425 aa  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.31 
 
 		 406 aa  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 595 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.18 
 
 		 462 aa  49.3  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.83 
 
 		 457 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  27.78 
 
 		 432 aa  48.9  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.42 
 
 		 432 aa  48.9  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  28.4 
 
 		 411 aa  48.9  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 391 aa  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.27 
 
 		 456 aa  48.5  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.33 
 
 		 562 aa  47.8  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 		 427 aa  47.8  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  23.33 
 
 		 403 aa  47.8  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.99 
 
 		 584 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 194 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.14 
 
 		 492 aa  47.4  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>