185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3550 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
417 aa  856    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  30.66 
 
 
429 aa  171  3e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  43.55 
 
 
393 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  51.28 
 
 
387 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  39.06 
 
 
417 aa  137  4e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  26.05 
 
 
435 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  30.18 
 
 
456 aa  121  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  31.78 
 
 
427 aa  117  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.08 
 
 
438 aa  114  3e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.4 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.8 
 
 
457 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.01 
 
 
399 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  32.86 
 
 
417 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.58 
 
 
424 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.24 
 
 
427 aa  103  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.44 
 
 
437 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.34 
 
 
442 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  36.42 
 
 
393 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.97 
 
 
429 aa  99.8  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  30.31 
 
 
400 aa  99.4  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 
427 aa  98.6  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  30.67 
 
 
287 aa  97.8  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  27.29 
 
 
425 aa  97.1  6e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  35.06 
 
 
426 aa  97.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.36 
 
 
432 aa  95.5  1e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  27.09 
 
 
407 aa  95.5  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  27.75 
 
 
407 aa  95.1  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.67 
 
 
408 aa  95.1  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  26.56 
 
 
420 aa  94.4  4e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  34.09 
 
 
390 aa  92.8  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  29.26 
 
 
428 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.95 
 
 
426 aa  92  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.31 
 
 
422 aa  91.3  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  33.12 
 
 
444 aa  88.6  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.69 
 
 
565 aa  88.6  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  26.71 
 
 
416 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  32.96 
 
 
416 aa  88.2  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 
549 aa  87.8  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 
511 aa  86.7  8e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.97 
 
 
456 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.3 
 
 
422 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 
402 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  31.84 
 
 
415 aa  85.5  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.41 
 
 
423 aa  84.7  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  25.89 
 
 
458 aa  84.7  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  31.61 
 
 
426 aa  84.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.09 
 
 
409 aa  84  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.42 
 
 
409 aa  83.6  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.64 
 
 
400 aa  83.6  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  29.5 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  24.32 
 
 
423 aa  83.2  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.61 
 
 
703 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 
403 aa  82.4  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  29.19 
 
 
400 aa  82.4  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.3 
 
 
444 aa  82  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.45 
 
 
477 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  28.49 
 
 
211 aa  81.3  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  27.24 
 
 
419 aa  80.5  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.02 
 
 
385 aa  79.7  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  25.57 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.98 
 
 
453 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  35.37 
 
 
420 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  26.91 
 
 
405 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  30.47 
 
 
401 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.33 
 
 
520 aa  77  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.07 
 
 
408 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.52 
 
 
411 aa  75.1  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 
439 aa  75.1  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.1 
 
 
388 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  26.16 
 
 
476 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  25.79 
 
 
1343 aa  74.7  0.000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.72 
 
 
462 aa  73.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.19 
 
 
620 aa  73.6  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 
406 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  28.51 
 
 
834 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  28.4 
 
 
405 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.17 
 
 
402 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28.29 
 
 
562 aa  72  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  31.07 
 
 
397 aa  71.6  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.52 
 
 
425 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  23.53 
 
 
416 aa  70.5  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  24.26 
 
 
285 aa  70.5  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  24 
 
 
383 aa  70.1  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.37 
 
 
417 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 
440 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  26.17 
 
 
420 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.22 
 
 
417 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  22.81 
 
 
411 aa  67.8  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 
442 aa  67.8  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  21.73 
 
 
407 aa  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  28.78 
 
 
433 aa  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  29.08 
 
 
416 aa  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.56 
 
 
419 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 
425 aa  65.5  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.76 
 
 
412 aa  65.5  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  27.24 
 
 
402 aa  64.7  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.57 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  23.46 
 
 
418 aa  64.7  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 
616 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  22.54 
 
 
460 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>