90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0871 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
211 aa  423  1e-118  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  52.52 
 
 
565 aa  149  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  48.24 
 
 
429 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  42.86 
 
 
422 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  46.53 
 
 
511 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  40.44 
 
 
476 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  42.39 
 
 
432 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  37.91 
 
 
419 aa  122  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  37.7 
 
 
440 aa  121  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.71 
 
 
400 aa  118  4.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  40.22 
 
 
429 aa  118  4.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  38.59 
 
 
471 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  36.67 
 
 
405 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.96 
 
 
385 aa  105  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  39.23 
 
 
450 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  34.97 
 
 
447 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  30.64 
 
 
416 aa  99.4  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  28.02 
 
 
417 aa  85.5  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 
387 aa  85.1  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  29.6 
 
 
453 aa  81.3  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.49 
 
 
417 aa  81.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  28.95 
 
 
390 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  28.81 
 
 
456 aa  78.2  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  35 
 
 
834 aa  77.4  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  27.68 
 
 
426 aa  75.5  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28 
 
 
409 aa  75.1  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  29.71 
 
 
285 aa  73.6  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.71 
 
 
409 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
393 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  26.9 
 
 
435 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  24.28 
 
 
549 aa  69.7  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  29.28 
 
 
400 aa  69.3  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 
420 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  25.7 
 
 
412 aa  68.2  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  33.81 
 
 
415 aa  68.2  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.46 
 
 
457 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  22.78 
 
 
428 aa  67  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  33.72 
 
 
402 aa  66.6  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  33.63 
 
 
408 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 
415 aa  65.1  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  27.23 
 
 
416 aa  64.7  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  37.5 
 
 
1343 aa  64.7  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  25.33 
 
 
393 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.65 
 
 
424 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  28.88 
 
 
438 aa  61.6  0.000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  30.25 
 
 
420 aa  61.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.82 
 
 
417 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.38 
 
 
427 aa  59.3  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.99 
 
 
408 aa  58.9  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.1 
 
 
520 aa  58.9  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  29.09 
 
 
418 aa  58.5  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  26.29 
 
 
382 aa  58.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  32.61 
 
 
426 aa  58.2  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  25.81 
 
 
409 aa  57  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  26.01 
 
 
458 aa  56.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 
406 aa  56.2  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 
427 aa  56.2  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.7 
 
 
386 aa  56.2  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  27.72 
 
 
162 aa  55.8  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.17 
 
 
462 aa  55.5  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.4 
 
 
422 aa  55.5  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.68 
 
 
477 aa  55.1  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  27.13 
 
 
414 aa  54.7  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.88 
 
 
194 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 
616 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 
426 aa  52.8  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  22.81 
 
 
401 aa  52.4  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.66 
 
 
413 aa  52  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  23.39 
 
 
400 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  29.27 
 
 
380 aa  51.2  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 
439 aa  49.7  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.65 
 
 
456 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.6 
 
 
620 aa  49.3  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 
392 aa  49.3  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 
392 aa  48.9  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  29.52 
 
 
195 aa  48.5  0.00007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.95 
 
 
442 aa  48.1  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  25.4 
 
 
407 aa  47.8  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  21.88 
 
 
437 aa  47.8  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  20.21 
 
 
402 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  25.4 
 
 
407 aa  47.8  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  24.74 
 
 
403 aa  47.4  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  30.52 
 
 
194 aa  46.6  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.18 
 
 
419 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  29.84 
 
 
375 aa  45.8  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  26.42 
 
 
1285 aa  45.4  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  25 
 
 
372 aa  43.9  0.002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  20.31 
 
 
410 aa  42  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 
438 aa  41.6  0.008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.85 
 
 
406 aa  41.2  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>