124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3425 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  100 
 
 		 390 aa  807    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  60.2 
 
 		 394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  38.17 
 
 		 386 aa  244  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  47.81 
 
 		 394 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  29.71 
 
 		 396 aa  168  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  31 
 
 		 382 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  29.23 
 
 		 401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  32.82 
 
 		 407 aa  144  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  32.82 
 
 		 407 aa  144  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  38.97 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  33.19 
 
 		 402 aa  129  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.18 
 
 		 422 aa  119  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  43.94 
 
 		 141 aa  117  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 408 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  27.58 
 
 		 430 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  36.2 
 
 		 433 aa  102  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  38.78 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  31.55 
 
 		 458 aa  99.8  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.72 
 
 		 457 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  34.09 
 
 		 417 aa  92.8  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 		 429 aa  92  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  30.43 
 
 		 401 aa  86.3  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 438 aa  86.3  9e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  32.41 
 
 		 416 aa  82  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.8 
 
 		 456 aa  82  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.71 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  22.16 
 
 		 418 aa  80.1  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  28.95 
 
 		 211 aa  78.6  0.0000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  31.58 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 393 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  24.17 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.08 
 
 		 413 aa  76.6  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  29.84 
 
 		 400 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  29.35 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.45 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 		 520 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 		 511 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  25.5 
 
 		 420 aa  67  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.58 
 
 		 417 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.95 
 
 		 413 aa  66.6  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  24.34 
 
 		 285 aa  66.2  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.19 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  22.85 
 
 		 435 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  29.49 
 
 		 363 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  21.64 
 
 		 411 aa  65.1  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  32.46 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 		 402 aa  63.5  0.000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  28.02 
 
 		 616 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  31.36 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.91 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 		 397 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  25.86 
 
 		 1285 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.87 
 
 		 423 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  25.89 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  23.61 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.4 
 
 		 462 aa  61.2  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.01 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 		 426 aa  60.1  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  29.51 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  29.24 
 
 		 471 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.76 
 
 		 426 aa  59.7  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.86 
 
 		 425 aa  59.7  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.86 
 
 		 408 aa  59.3  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.43 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  23.43 
 
 		 409 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.1 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  20.93 
 
 		 416 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  20.61 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  22.83 
 
 		 420 aa  58.9  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  29.11 
 
 		 398 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.88 
 
 		 620 aa  58.9  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.57 
 
 		 453 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  29.06 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 453 aa  57.4  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 		 413 aa  57.4  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  24.1 
 
 		 409 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  27.11 
 
 		 405 aa  56.2  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.3 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.15 
 
 		 423 aa  55.1  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.91 
 
 		 565 aa  55.5  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  27.43 
 
 		 399 aa  54.7  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  25.31 
 
 		 392 aa  54.3  0.000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  26.22 
 
 		 846 aa  53.9  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.8 
 
 		 427 aa  53.5  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 371 aa  53.5  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 549 aa  53.1  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.81 
 
 		 428 aa  53.1  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  29.69 
 
 		 385 aa  53.1  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  23.31 
 
 		 429 aa  52.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.5 
 
 		 460 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  20.88 
 
 		 406 aa  50.8  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  28.67 
 
 		 419 aa  50.8  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  28.35 
 
 		 557 aa  50.4  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  28 
 
 		 439 aa  49.7  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  22.86 
 
 		 395 aa  49.7  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  26.06 
 
 		 439 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.22 
 
 		 528 aa  48.5  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>