151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4083 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 409 aa  849    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  41.49 
 
 		 405 aa  263  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  39.54 
 
 		 410 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  40.69 
 
 		 349 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  34.01 
 
 		 419 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  31.57 
 
 		 400 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.84 
 
 		 385 aa  145  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  27.55 
 
 		 413 aa  144  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.24 
 
 		 413 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  27.7 
 
 		 387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  35.21 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 426 aa  113  8.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.14 
 
 		 435 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.46 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  38.5 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  28.4 
 
 		 403 aa  103  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.61 
 
 		 471 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  25.36 
 
 		 426 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.15 
 
 		 465 aa  100  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  37.5 
 
 		 263 aa  100  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 427 aa  99  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 		 427 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.89 
 
 		 492 aa  97.1  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 427 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  30.57 
 
 		 414 aa  95.9  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.15 
 
 		 477 aa  94.4  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 		 409 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 		 429 aa  89.4  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.37 
 
 		 409 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 409 aa  88.6  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 409 aa  88.6  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.74 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 		 434 aa  88.2  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  35.57 
 
 		 1285 aa  87.8  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.25 
 
 		 406 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.69 
 
 		 406 aa  87.4  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 		 435 aa  87.4  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  24.15 
 
 		 460 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  28.14 
 
 		 411 aa  85.5  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  28.87 
 
 		 457 aa  82.4  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  23.67 
 
 		 383 aa  80.9  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  23.67 
 
 		 423 aa  80.9  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  20.79 
 
 		 416 aa  79.7  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 		 296 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.51 
 
 		 428 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.48 
 
 		 456 aa  79  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.28 
 
 		 528 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  24.91 
 
 		 364 aa  75.1  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.85 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.44 
 
 		 429 aa  73.9  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  21.37 
 
 		 456 aa  73.9  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  26.89 
 
 		 438 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  27.84 
 
 		 511 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  29.1 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  20.36 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.62 
 
 		 417 aa  70.9  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  24.2 
 
 		 382 aa  70.1  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.73 
 
 		 424 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.01 
 
 		 432 aa  70.1  0.00000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  31.25 
 
 		 616 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  23.94 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  25.37 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  26.56 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.57 
 
 		 453 aa  68.6  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  23.37 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  21.93 
 
 		 422 aa  67  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  30.1 
 
 		 450 aa  66.6  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.73 
 
 		 439 aa  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 387 aa  66.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 		 438 aa  66.2  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  22.9 
 
 		 432 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  30.25 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.25 
 
 		 437 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.17 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.46 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 		 419 aa  62  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.62 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  22.95 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  26.98 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.87 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.71 
 
 		 453 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.91 
 
 		 565 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  23.6 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  23.6 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  19.8 
 
 		 425 aa  59.7  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  21.33 
 
 		 439 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.33 
 
 		 390 aa  58.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  23.94 
 
 		 428 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.6 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 		 556 aa  57.4  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  20.42 
 
 		 422 aa  57  0.0000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  25.81 
 
 		 211 aa  57  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 477 aa  56.6  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.19 
 
 		 417 aa  55.8  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  25.55 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  24.1 
 
 		 390 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  23.89 
 
 		 453 aa  55.1  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.16 
 
 		 428 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>