126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0249 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 393 aa  818    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  42.53 
 
 		 427 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  35.62 
 
 		 363 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  51.4 
 
 		 419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.49 
 
 		 404 aa  189  7e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.24 
 
 		 388 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  30.33 
 
 		 402 aa  152  8e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  30.82 
 
 		 419 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  32.39 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0816  restriction modification system DNA specificity subunit  41.48 
 
 		 267 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  34.25 
 
 		 562 aa  126  8.000000000000001e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.32 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  34.55 
 
 		 439 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  28.07 
 
 		 417 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  33.33 
 
 		 387 aa  107  5e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.77 
 
 		 412 aa  103  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  34.44 
 
 		 388 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  36.75 
 
 		 351 aa  97.4  4e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 397 aa  96.7  6e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.99 
 
 		 442 aa  95.9  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  33.99 
 
 		 373 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.17 
 
 		 420 aa  91.3  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  26.67 
 
 		 417 aa  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  31.52 
 
 		 399 aa  89.7  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.75 
 
 		 422 aa  88.2  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.44 
 
 		 205 aa  83.6  0.000000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  22.2 
 
 		 425 aa  82.8  0.000000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.82 
 
 		 493 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  29.01 
 
 		 422 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 427 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  24.3 
 
 		 401 aa  80.1  0.00000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  24.35 
 
 		 430 aa  80.1  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.58 
 
 		 414 aa  79.7  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  32.19 
 
 		 175 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.67 
 
 		 386 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  28.24 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.56 
 
 		 435 aa  77  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  29.22 
 
 		 416 aa  75.9  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  28.24 
 
 		 383 aa  75.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  22.77 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  28.24 
 
 		 423 aa  75.5  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  23.98 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  30.32 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.58 
 
 		 433 aa  71.2  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.06 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.91 
 
 		 442 aa  68.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  25.34 
 
 		 411 aa  69.3  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  20.87 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  24.54 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  26.67 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  43.37 
 
 		 411 aa  66.6  0.0000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  23.7 
 
 		 416 aa  66.2  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  26.67 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  26.91 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.73 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.62 
 
 		 419 aa  63.2  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  22.99 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  25.31 
 
 		 444 aa  62.8  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.68 
 
 		 433 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.91 
 
 		 439 aa  61.6  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  24.42 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.3 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  23.64 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  21.21 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  22.86 
 
 		 425 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.5 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.41 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  20.88 
 
 		 400 aa  57  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.97 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  21.89 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.94 
 
 		 417 aa  56.2  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  23 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  36.36 
 
 		 91 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  25.55 
 
 		 409 aa  55.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  23.11 
 
 		 413 aa  55.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  23.34 
 
 		 403 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2394  hypothetical protein  31.33 
 
 		 87 aa  54.3  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  28.91 
 
 		 287 aa  53.5  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  45.16 
 
 		 413 aa  53.5  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  20 
 
 		 378 aa  53.5  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.65 
 
 		 457 aa  53.1  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.57 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  24.66 
 
 		 364 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.55 
 
 		 432 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  21.89 
 
 		 446 aa  52  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  24.7 
 
 		 386 aa  52.4  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.43 
 
 		 413 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25 
 
 		 477 aa  51.6  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  22.31 
 
 		 428 aa  51.2  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  21.59 
 
 		 438 aa  51.6  0.00003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 		 410 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>