184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5008 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  100 
 
 		 465 aa  911    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.3 
 
 		 429 aa  144  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  28.88 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.99 
 
 		 413 aa  140  4.999999999999999e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 		 402 aa  133  7.999999999999999e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  29.87 
 
 		 393 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  35.29 
 
 		 263 aa  124  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 453 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.49 
 
 		 492 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 428 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  25.8 
 
 		 432 aa  109  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 436 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.08 
 
 		 435 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  37.5 
 
 		 457 aa  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  23.15 
 
 		 409 aa  100  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.95 
 
 		 428 aa  100  6e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.46 
 
 		 439 aa  99.8  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.26 
 
 		 413 aa  99.4  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 425 aa  97.4  5e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  23.45 
 
 		 374 aa  96.3  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.18 
 
 		 423 aa  94.4  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  38.2 
 
 		 435 aa  94  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  22.77 
 
 		 425 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  21.04 
 
 		 425 aa  92  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 462 aa  90.5  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  24.21 
 
 		 413 aa  87.4  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.89 
 
 		 433 aa  87  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.71 
 
 		 442 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  29.53 
 
 		 416 aa  84.7  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  26.87 
 
 		 413 aa  84.7  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  29.65 
 
 		 490 aa  84  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.08 
 
 		 422 aa  84  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.93 
 
 		 457 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.15 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.95 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  23.24 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  30.56 
 
 		 460 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.05 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.46 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  24.78 
 
 		 451 aa  78.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  20.45 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 456 aa  73.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  22.95 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.27 
 
 		 453 aa  73.2  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  24.13 
 
 		 448 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  25.39 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.03 
 
 		 388 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.78 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.27 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.21 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.86 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 426 aa  67.8  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  20.87 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.27 
 
 		 520 aa  67.4  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.81 
 
 		 469 aa  67.4  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  19.83 
 
 		 454 aa  67  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  20.95 
 
 		 433 aa  65.5  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.95 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.97 
 
 		 495 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  21.1 
 
 		 532 aa  63.9  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.02 
 
 		 384 aa  63.5  0.000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.81 
 
 		 471 aa  63.5  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  26.89 
 
 		 404 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  32.93 
 
 		 405 aa  62  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.27 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  21.2 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  21.1 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  24.37 
 
 		 420 aa  61.2  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.34 
 
 		 423 aa  60.5  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.22 
 
 		 417 aa  60.1  0.00000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.22 
 
 		 462 aa  59.7  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  20.09 
 
 		 476 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  22.15 
 
 		 386 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.02 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  32.35 
 
 		 595 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  21.16 
 
 		 477 aa  58.5  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  30.43 
 
 		 447 aa  58.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.4 
 
 		 427 aa  57  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  20.81 
 
 		 556 aa  56.6  0.0000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.6 
 
 		 428 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  21.58 
 
 		 444 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 387 aa  56.6  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  24.58 
 
 		 419 aa  55.8  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  21.21 
 
 		 360 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  22.75 
 
 		 473 aa  56.2  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  22.57 
 
 		 392 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.9 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  23.76 
 
 		 451 aa  55.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  22.45 
 
 		 453 aa  55.1  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 587 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  27.17 
 
 		 464 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.45 
 
 		 419 aa  54.7  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  27.91 
 
 		 290 aa  54.3  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.62 
 
 		 238 aa  54.3  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  19.95 
 
 		 422 aa  54.3  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.7 
 
 		 411 aa  53.9  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>