157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1890 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 
416 aa  861    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  32.82 
 
 
354 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.13 
 
 
456 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  26.28 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 
462 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22 
 
 
453 aa  110  6e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.24 
 
 
456 aa  98.6  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 
425 aa  97.4  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  28.86 
 
 
453 aa  96.7  6e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  31.34 
 
 
392 aa  92.4  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  26.53 
 
 
420 aa  91.7  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.08 
 
 
411 aa  89.4  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  32.96 
 
 
417 aa  88.2  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  24.07 
 
 
402 aa  85.5  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.57 
 
 
413 aa  84.7  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 
399 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  31.21 
 
 
465 aa  84.3  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 
393 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.35 
 
 
398 aa  82.4  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  26.95 
 
 
402 aa  80.5  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  30.87 
 
 
393 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.97 
 
 
413 aa  79.3  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.76 
 
 
417 aa  77  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.32 
 
 
425 aa  76.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  23.54 
 
 
405 aa  76.3  0.0000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  22.31 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 
407 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  27.14 
 
 
775 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  24.27 
 
 
428 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.18 
 
 
422 aa  73.9  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.54 
 
 
382 aa  73.2  0.000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.74 
 
 
442 aa  72  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  22.31 
 
 
454 aa  71.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.74 
 
 
423 aa  72  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  22.29 
 
 
417 aa  72  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  25.21 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  23.33 
 
 
464 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 
429 aa  70.9  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 
414 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  25.54 
 
 
401 aa  68.6  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 
427 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  23.06 
 
 
423 aa  67.4  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.84 
 
 
429 aa  67.4  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.32 
 
 
435 aa  67.4  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.47 
 
 
435 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  20.6 
 
 
422 aa  66.6  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  23.06 
 
 
383 aa  66.6  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.49 
 
 
384 aa  66.6  0.0000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 
393 aa  66.2  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
444 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  22.19 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  27.87 
 
 
434 aa  64.3  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  24 
 
 
436 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  24.7 
 
 
363 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  21.14 
 
 
391 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.14 
 
 
409 aa  63.2  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  20.74 
 
 
456 aa  63.2  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1106  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 
161 aa  63.2  0.000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.47 
 
 
413 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.96 
 
 
495 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.1 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  26.36 
 
 
290 aa  62  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  22.59 
 
 
351 aa  61.2  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.74 
 
 
423 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 
374 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  24.34 
 
 
412 aa  61.6  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.39 
 
 
424 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  25.9 
 
 
562 aa  60.8  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.8 
 
 
412 aa  60.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.27 
 
 
427 aa  60.8  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 
436 aa  60.1  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  21.27 
 
 
391 aa  60.1  0.00000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  23.18 
 
 
397 aa  59.7  0.00000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 
447 aa  59.7  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.38 
 
 
378 aa  59.3  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  27 
 
 
415 aa  58.9  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 
419 aa  58.2  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  22.64 
 
 
405 aa  57.4  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  22.49 
 
 
424 aa  57  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.38 
 
 
425 aa  56.2  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  22.98 
 
 
834 aa  54.7  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  23.31 
 
 
419 aa  54.3  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  21.47 
 
 
420 aa  54.3  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.59 
 
 
388 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 
438 aa  54.3  0.000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  37 
 
 
427 aa  53.9  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 
453 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.13 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.51 
 
 
413 aa  53.9  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  36.71 
 
 
417 aa  53.5  0.000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.5 
 
 
401 aa  53.5  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.9 
 
 
432 aa  53.1  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 
547 aa  52.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  21.46 
 
 
453 aa  52.8  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.6 
 
 
429 aa  52.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.65 
 
 
427 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  42.42 
 
 
439 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25.15 
 
 
477 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  30.33 
 
 
400 aa  51.2  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  21.71 
 
 
412 aa  50.8  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>