54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1106 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1106  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 161 aa  325  1.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  62.42 
 
 		 398 aa  201  3e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  39.53 
 
 		 775 aa  122  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  50 
 
 		 392 aa  105  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  50 
 
 		 405 aa  97.8  5e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  42.37 
 
 		 426 aa  91.3  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  57.14 
 
 		 399 aa  89.7  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.41 
 
 		 382 aa  89.4  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  52.94 
 
 		 194 aa  87.4  7e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  36.23 
 
 		 414 aa  84  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  50.67 
 
 		 374 aa  81.6  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.27 
 
 		 408 aa  81.3  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.78 
 
 		 419 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0107  type I restriction modification DNA specificity family protein  47.83 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.517925  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0816  restriction modification system DNA specificity subunit  42.86 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  47.3 
 
 		 406 aa  73.9  0.0000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  33 
 
 		 411 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  26.35 
 
 		 416 aa  63.2  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1564  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.03 
 
 		 1134 aa  56.2  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  35.83 
 
 		 364 aa  54.7  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  19.58 
 
 		 354 aa  53.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  39.76 
 
 		 225 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  31.4 
 
 		 380 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 414 aa  48.1  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  28.45 
 
 		 429 aa  47.4  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  25.42 
 
 		 351 aa  46.6  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.6 
 
 		 205 aa  46.6  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  28.38 
 
 		 444 aa  46.2  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  30.14 
 
 		 394 aa  45.1  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  35 
 
 		 393 aa  45.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  30.39 
 
 		 392 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.03 
 
 		 378 aa  45.1  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.23 
 
 		 413 aa  43.9  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  34.69 
 
 		 360 aa  43.9  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  28.16 
 
 		 303 aa  43.9  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  37.25 
 
 		 383 aa  43.5  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  27.18 
 
 		 390 aa  43.5  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.33 
 
 		 422 aa  43.5  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0038  reStriction-modification enzyme mpuuiii s subunit  23.73 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.314064  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 434 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  25.2 
 
 		 400 aa  43.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  33.33 
 
 		 501 aa  43.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  27.03 
 
 		 368 aa  42.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  35.09 
 
 		 387 aa  42.4  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.45 
 
 		 388 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 420 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  30 
 
 		 393 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  28.26 
 
 		 392 aa  41.2  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  34.67 
 
 		 391 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  23.91 
 
 		 397 aa  41.2  0.007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  29.63 
 
 		 1362 aa  40.8  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.39 
 
 		 427 aa  40.8  0.008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  31.17 
 
 		 444 aa  40.8  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  33.87 
 
 		 400 aa  40.4  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>