145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1160 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 407 aa  839    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  32.91 
 
 		 401 aa  194  2e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  29.79 
 
 		 417 aa  152  7e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  44.59 
 
 		 432 aa  143  5e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.32 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  35.2 
 
 		 447 aa  119  9e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  35.15 
 
 		 479 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0556  type I restriction enzyme, specificity subunit  42.48 
 
 		 183 aa  113  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239636  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  36.87 
 
 		 436 aa  111  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.6 
 
 		 238 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  34.95 
 
 		 477 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  27.43 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  29.62 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  25.99 
 
 		 425 aa  97.1  5e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  32.67 
 
 		 611 aa  95.9  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  34.76 
 
 		 418 aa  95.1  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  33.52 
 
 		 419 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0554  hypothetical protein  50 
 
 		 133 aa  94  5e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0203297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  33.52 
 
 		 419 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  35.37 
 
 		 589 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  29.9 
 
 		 490 aa  89.7  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  35 
 
 		 459 aa  89.7  9e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  35.48 
 
 		 380 aa  86.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.84 
 
 		 457 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.12 
 
 		 642 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  30.61 
 
 		 561 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.14 
 
 		 435 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  26.63 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.78 
 
 		 422 aa  72.8  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.25 
 
 		 390 aa  72.8  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.94 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  27.37 
 
 		 474 aa  70.1  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  24.24 
 
 		 462 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 438 aa  69.7  0.00000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  28.68 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.02 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.75 
 
 		 386 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  21.84 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  24.45 
 
 		 461 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  29.27 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  29.27 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  21.73 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 		 453 aa  65.9  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  23.2 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  25.42 
 
 		 403 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  25.42 
 
 		 403 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.36 
 
 		 465 aa  64.7  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.08 
 
 		 411 aa  64.3  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  28.05 
 
 		 427 aa  64.3  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  20.19 
 
 		 436 aa  63.2  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.37 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  29.58 
 
 		 159 aa  62.8  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  29.78 
 
 		 463 aa  62.4  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 547 aa  61.6  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  25.26 
 
 		 458 aa  61.6  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  21.02 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.85 
 
 		 477 aa  62  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.9 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 		 395 aa  62  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  30.09 
 
 		 446 aa  60.8  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 442 aa  60.8  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  29.14 
 
 		 435 aa  60.8  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  25.79 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 		 595 aa  59.7  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  25.79 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  21.91 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.62 
 
 		 435 aa  59.7  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.36 
 
 		 423 aa  59.7  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  27.98 
 
 		 444 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 		 520 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  20.6 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.21 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  29.21 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  22.17 
 
 		 425 aa  57  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 374 aa  57  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  29.93 
 
 		 446 aa  57  0.0000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.53 
 
 		 237 aa  57  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  30.25 
 
 		 799 aa  56.6  0.0000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  25.86 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  30.54 
 
 		 492 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.35 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 450 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  27.17 
 
 		 437 aa  55.5  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  27.4 
 
 		 730 aa  55.8  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  25.49 
 
 		 453 aa  55.5  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  21.28 
 
 		 584 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 		 427 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  24.48 
 
 		 474 aa  54.7  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  22.78 
 
 		 429 aa  54.3  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 442 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  22.7 
 
 		 457 aa  53.9  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  33.33 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  23.72 
 
 		 448 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.67 
 
 		 445 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  21.28 
 
 		 585 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  21.18 
 
 		 428 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>