151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0854 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 595 aa  1212    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  38.61 
 
 		 547 aa  327  3e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  40.15 
 
 		 538 aa  273  6e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  37.18 
 
 		 479 aa  267  5e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  34.26 
 
 		 457 aa  261  4e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  32.77 
 
 		 514 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  34.15 
 
 		 511 aa  177  6e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  30 
 
 		 490 aa  172  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  34.03 
 
 		 477 aa  161  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  52.52 
 
 		 380 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  33.43 
 
 		 447 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  28.19 
 
 		 492 aa  140  6e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.44 
 
 		 495 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  24.66 
 
 		 501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.12 
 
 		 471 aa  121  3e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.04 
 
 		 477 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  25.82 
 
 		 561 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  36.55 
 
 		 419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.89 
 
 		 587 aa  110  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  24.52 
 
 		 495 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25.5 
 
 		 476 aa  109  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.81 
 
 		 520 aa  104  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  25.1 
 
 		 589 aa  101  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  28.45 
 
 		 611 aa  99.4  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.58 
 
 		 493 aa  99  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.11 
 
 		 464 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 575 aa  92.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  33.07 
 
 		 450 aa  91.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 		 585 aa  89.7  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.55 
 
 		 428 aa  89.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  33.33 
 
 		 404 aa  88.2  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  23.77 
 
 		 577 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  23.87 
 
 		 442 aa  84  0.000000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  31.54 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 578 aa  79.3  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  36.57 
 
 		 459 aa  77.4  0.0000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  29.57 
 
 		 469 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.69 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  23.21 
 
 		 576 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 557 aa  73.9  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 397 aa  72.4  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  24.93 
 
 		 561 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  24.93 
 
 		 563 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.21 
 
 		 528 aa  70.9  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 616 aa  70.5  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  29.13 
 
 		 236 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  27.17 
 
 		 571 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  26.96 
 
 		 418 aa  68.6  0.0000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.05 
 
 		 459 aa  67.4  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  27.85 
 
 		 435 aa  67  0.0000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  27.75 
 
 		 438 aa  67  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 633 aa  67  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  20.82 
 
 		 427 aa  67  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.14 
 
 		 444 aa  66.6  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  25.25 
 
 		 565 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 436 aa  67  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.85 
 
 		 238 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  34.06 
 
 		 460 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.36 
 
 		 237 aa  66.2  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  31.76 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  31.76 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  33.53 
 
 		 465 aa  64.7  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  30.86 
 
 		 454 aa  64.7  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.71 
 
 		 584 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.95 
 
 		 642 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  24.39 
 
 		 487 aa  64.3  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  21.29 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.14 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.62 
 
 		 433 aa  64.3  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.43 
 
 		 453 aa  62  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  24.86 
 
 		 532 aa  61.6  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.57 
 
 		 565 aa  61.6  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  26.11 
 
 		 436 aa  61.6  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  23.26 
 
 		 575 aa  61.6  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 		 413 aa  60.1  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  45 
 
 		 162 aa  58.9  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.37 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.37 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.37 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  29.38 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  32.33 
 
 		 547 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.22 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.77 
 
 		 572 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  33.33 
 
 		 151 aa  58.9  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  27.27 
 
 		 462 aa  58.5  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.13 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  23.96 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  23.96 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.24 
 
 		 401 aa  57  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  29.23 
 
 		 412 aa  57  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.1 
 
 		 238 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  22.9 
 
 		 590 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  26.18 
 
 		 425 aa  57  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  35.82 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 416 aa  55.5  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  31.01 
 
 		 323 aa  55.1  0.000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.01 
 
 		 413 aa  54.7  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  27.75 
 
 		 439 aa  53.9  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>