102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4880 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  100 
 
 		 571 aa  1172    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  52.36 
 
 		 584 aa  530  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  51.18 
 
 		 585 aa  490  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  42.7 
 
 		 633 aa  405  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  43.31 
 
 		 589 aa  389  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  41.73 
 
 		 612 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  42.96 
 
 		 578 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  41 
 
 		 563 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  40.77 
 
 		 561 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  39.29 
 
 		 616 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  40.47 
 
 		 577 aa  350  6e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  49.39 
 
 		 611 aa  342  2e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  38.14 
 
 		 547 aa  329  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  44.04 
 
 		 561 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  32.14 
 
 		 575 aa  270  4e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  40.62 
 
 		 398 aa  270  5e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  33.22 
 
 		 576 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  34.7 
 
 		 564 aa  228  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.39 
 
 		 565 aa  228  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  30.88 
 
 		 590 aa  224  4e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  31.29 
 
 		 557 aa  219  7.999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  31.33 
 
 		 575 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  42.25 
 
 		 557 aa  192  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  29.28 
 
 		 565 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  36.18 
 
 		 597 aa  177  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.95 
 
 		 528 aa  162  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.46 
 
 		 572 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 		 556 aa  157  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.66 
 
 		 532 aa  151  4e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  30.9 
 
 		 511 aa  111  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  29.67 
 
 		 447 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.42 
 
 		 404 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  34.27 
 
 		 290 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  35.12 
 
 		 394 aa  94  6e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.82 
 
 		 520 aa  92.4  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  28.27 
 
 		 323 aa  91.7  3e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  33.54 
 
 		 434 aa  90.5  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.88 
 
 		 422 aa  88.2  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.05 
 
 		 495 aa  81.6  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  29.95 
 
 		 433 aa  80.1  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.57 
 
 		 492 aa  78.2  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  29.45 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  29.23 
 
 		 430 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  32.81 
 
 		 413 aa  74.3  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.43 
 
 		 479 aa  73.2  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  53.52 
 
 		 86 aa  72.8  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 429 aa  72  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 		 477 aa  70.1  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  27.59 
 
 		 538 aa  69.3  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.2 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  31.65 
 
 		 429 aa  65.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  27.47 
 
 		 385 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.33 
 
 		 417 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  26.53 
 
 		 444 aa  64.7  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  29.88 
 
 		 501 aa  64.3  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.75 
 
 		 477 aa  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  34.07 
 
 		 457 aa  62.8  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 		 418 aa  61.2  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  23.81 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.3 
 
 		 587 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.64 
 
 		 471 aa  58.2  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  30.77 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.62 
 
 		 595 aa  57.4  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 453 aa  55.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  35.87 
 
 		 363 aa  55.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 457 aa  55.8  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  30.6 
 
 		 438 aa  55.8  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 454 aa  55.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  28.32 
 
 		 402 aa  55.1  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  25.37 
 
 		 396 aa  54.7  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.06 
 
 		 493 aa  54.3  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  29.71 
 
 		 371 aa  54.3  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  20.86 
 
 		 476 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  64.1 
 
 		 460 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  39.02 
 
 		 450 aa  53.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  68.42 
 
 		 532 aa  53.5  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 392 aa  52  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.04 
 
 		 386 aa  52  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  28.15 
 
 		 411 aa  52  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 		 547 aa  51.6  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 419 aa  51.6  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 405 aa  51.6  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.6 
 
 		 423 aa  50.8  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  27.4 
 
 		 390 aa  50.1  0.0001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  24.29 
 
 		 394 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.38 
 
 		 490 aa  48.9  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  27.92 
 
 		 394 aa  48.5  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  27.27 
 
 		 390 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  25.41 
 
 		 360 aa  48.5  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  29.17 
 
 		 417 aa  48.1  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 195 aa  47.8  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  28.12 
 
 		 392 aa  47.4  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  22.61 
 
 		 400 aa  47  0.0008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  27.1 
 
 		 428 aa  47  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  23.5 
 
 		 417 aa  46.2  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  30.39 
 
 		 368 aa  46.2  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.71 
 
 		 441 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.91 
 
 		 459 aa  45.4  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.58 
 
 		 373 aa  44.7  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  27.54 
 
 		 453 aa  44.3  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>