153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1093 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 394 aa  805    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  41.75 
 
 		 500 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  34.98 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  45 
 
 		 428 aa  140  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  40.8 
 
 		 590 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  46.36 
 
 		 392 aa  139  7.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  35.89 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 		 418 aa  122  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.62 
 
 		 400 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.4 
 
 		 401 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  26.17 
 
 		 364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  24.4 
 
 		 402 aa  112  9e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.82 
 
 		 423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.5 
 
 		 390 aa  110  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  27.32 
 
 		 400 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.6 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  27.98 
 
 		 402 aa  106  8e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  23.85 
 
 		 382 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  33.51 
 
 		 385 aa  102  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.96 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  27.31 
 
 		 834 aa  98.6  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.09 
 
 		 417 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  31.87 
 
 		 454 aa  97.1  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  29.69 
 
 		 430 aa  97.1  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  35.93 
 
 		 429 aa  96.7  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  31.22 
 
 		 398 aa  96.7  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  36.08 
 
 		 511 aa  95.5  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  26.17 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 		 393 aa  95.9  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  35.12 
 
 		 571 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  25.49 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  25.71 
 
 		 394 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  31.91 
 
 		 433 aa  90.1  7e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  26.1 
 
 		 396 aa  88.2  2e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.41 
 
 		 388 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  24.7 
 
 		 391 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  30.21 
 
 		 394 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  26.1 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  24.19 
 
 		 390 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.69 
 
 		 413 aa  82  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.26 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  27.67 
 
 		 263 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  29.84 
 
 		 438 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 		 363 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.73 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 387 aa  77  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.1 
 
 		 386 aa  76.6  0.0000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 429 aa  76.6  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  23.59 
 
 		 396 aa  76.6  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.34 
 
 		 388 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  29.51 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  22.95 
 
 		 425 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  29.18 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  25.34 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 		 420 aa  72.8  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  31.78 
 
 		 401 aa  72  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  26.72 
 
 		 141 aa  71.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  25.34 
 
 		 457 aa  71.2  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.44 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  27.11 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  30.41 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.89 
 
 		 417 aa  66.6  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  23.32 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  23.82 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  26.04 
 
 		 363 aa  65.1  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 429 aa  65.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.94 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  22.68 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.41 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.86 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.74 
 
 		 423 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  21.68 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 		 447 aa  62.4  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  24.6 
 
 		 399 aa  62.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  27.17 
 
 		 775 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.23 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  26.29 
 
 		 547 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.48 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.95 
 
 		 528 aa  60.8  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  21.5 
 
 		 564 aa  58.9  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.16 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.69 
 
 		 438 aa  58.5  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  20.27 
 
 		 469 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  30.77 
 
 		 707 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  26.28 
 
 		 400 aa  57  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  28.67 
 
 		 416 aa  57  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.06 
 
 		 532 aa  56.6  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.55 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.55 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26 
 
 		 520 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.34 
 
 		 425 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  19.86 
 
 		 456 aa  56.2  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.05 
 
 		 584 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  25.1 
 
 		 372 aa  55.1  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23.89 
 
 		 392 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  21.93 
 
 		 441 aa  55.1  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.93 
 
 		 427 aa  54.3  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>