41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0870 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 195 aa  392  1e-108  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  49.7 
 
 		 380 aa  166  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  37.71 
 
 		 392 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.53 
 
 		 384 aa  115  3e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  32.28 
 
 		 385 aa  101  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  29.67 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  31.33 
 
 		 162 aa  83.6  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  31.36 
 
 		 429 aa  65.9  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  30.57 
 
 		 557 aa  55.8  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  30.97 
 
 		 485 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  28.3 
 
 		 511 aa  52.4  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25 
 
 		 476 aa  51.6  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 405 aa  51.6  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.85 
 
 		 385 aa  51.2  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.55 
 
 		 565 aa  50.1  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  29.17 
 
 		 354 aa  49.3  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  32.04 
 
 		 211 aa  48.9  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  29.66 
 
 		 303 aa  48.5  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.59 
 
 		 453 aa  48.1  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.09 
 
 		 400 aa  47.8  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  24.31 
 
 		 422 aa  46.2  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  24.18 
 
 		 571 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.23 
 
 		 429 aa  45.4  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 		 479 aa  45.4  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  30.16 
 
 		 375 aa  45.4  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 392 aa  43.9  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  29.66 
 
 		 420 aa  44.3  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 427 aa  44.3  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  29.2 
 
 		 425 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  33.33 
 
 		 438 aa  42.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.05 
 
 		 424 aa  43.1  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  34.18 
 
 		 471 aa  42.4  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 		 549 aa  42.4  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  31.17 
 
 		 419 aa  42.7  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 		 450 aa  42  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  30.39 
 
 		 420 aa  42  0.006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.52 
 
 		 456 aa  41.6  0.007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 		 417 aa  41.6  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  31.67 
 
 		 402 aa  41.6  0.008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 393 aa  41.2  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  26.13 
 
 		 411 aa  41.2  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>